公开(公告)号：CN106834510A

公开(公告)日：2017-06-13

申请号：CN201710167289.X

申请日：2017-03-20

Applicant: 西南林业大学

Inventor： 屈燕 ,  区智 ,  彭建松 ,  杨自云 ,  赵琬玥 ,  熊健

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2525/191

Abstract: 本发明涉及一种基于转录组序列开发绿绒蒿SSR引物的方法，具体步骤如下：(1)构建转录组文库；(2)测序完成后，利用软件Trinity将测序序列拼接成一个完整的转录组，取每条基因最长的转录本作为Unigene，并对Unigene序列进行生物信息学分析；(3)采用软件MISA1.0对上述Unigene进行SSR检测；(4)采用软件Primer3进行SSR引物设计，并鉴定引物的多态性。本发明通过获得的转录组序列，极大地增加了用于引物开发的原始数据；采用生物信息学途径可以大批量开发SSR标记，大大提高了开发的效率，而且本发明所提供的SSR标记引物是稳定存在的新标记，可直接用于绿绒蒿属植物的相关研究，解决了绿绒蒿属SSR引物少问题。