公开(公告)号：CN112941151B

公开(公告)日：2022-07-01

申请号：CN202110347759.7

申请日：2021-03-31

Applicant: 西北农林科技大学 ,  陕西省农产品质量安全中心

Inventor： 聂小军 ,  崔立操 ,  佘奎军 ,  马红战 ,  宋卫宁

IPC: C12Q1/6809 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种利用RNA‑seq技术构建EST‑SSR标记的方法与应用，包括如下步骤：利用RNA‑seq技术，构建RNA‑seq序列文库；将RNA‑seq序列文库中获得的片段进行组装，得到转录本；利用Misa软件对原生地样本转录本进行SSR预测和鉴定，得到SSR位点；设计SSR位点的引物，得到SSR引物对；利用blast软件将SSR引物对分别与入侵地样本转录本和原生地样本转录本进行序列相似比对，得到电子模拟PCR扩增片段，筛选片段大小不一致的标记，为EST‑SSR标记，最后进行PCR实验验证，分析这些标记在紫茎泽兰群体中的遗传多态性。

公开(公告)号：CN106834465A

公开(公告)日：2017-06-13

申请号：CN201710062510.5

申请日：2017-01-22

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 聂小军 ,  宋卫宁 ,  邓平川 ,  崔立操 ,  卞建新

IPC: C12Q1/68 ,  G06F19/22

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  C12Q2535/122

Abstract: 本发明公开了一种简便、高效且通用的植物叶绿体基因组测序方法，直接采用基因组DNA高通量测序后，利用生物学信息学方法抓取其中的叶绿体reads，然后组装、拼接获得其叶绿体基因组全序列；相比于传统的方法，该方法直接以叶片基因组DNA为模板构建高通量测序文库，大大提高了方法的效率和通用性；不用复杂的PCR产物测序及克隆片段的拼接组装，直接利用高覆盖度测序后得到的reads从头拼装，大大减少了试验步骤，简化了试验流程，简便、快捷且高效。

公开(公告)号：CN113151535B

公开(公告)日：2022-06-28

申请号：CN202110181512.2

申请日：2021-02-08

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 聂小军 ,  宋卫宁 ,  杨光 ,  崔立操 ,  佘奎军

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6809 ,  C12N15/11 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明属于分子生物学技术领域，涉及一组菊科植物分子鉴定的叶绿体SSR标记引物及其获取方法。该叶绿体SSR标记引物为SSR1、SSR2或SSR3中的一种或几种，其获取方法包括：1.检索并获取菊科叶绿体基因组；2.预测并获得鉴定的菊科叶绿体基因组SSR位点，开发SSR标记；3.电子PCR扩增菊科叶绿体SSR标记，并筛选多态性SSR标记；4.验证和获得用于菊科物种分子鉴定的叶绿体SSR标记。该叶绿体SSR标记引物及其获取方法，建立了菊科叶绿体SSR位点的鉴定和多态性分析的方法，提高了多态性SSR标记的筛选效率，减轻了试验工作量、提高了试验效率、节约了成本。

公开(公告)号：CN112941151A

公开(公告)日：2021-06-11

申请号：CN202110347759.7

申请日：2021-03-31

Applicant: 西北农林科技大学 ,  陕西省农产品质量安全中心

Inventor： 聂小军 ,  崔立操 ,  佘奎军 ,  马红战 ,  宋卫宁

IPC: C12Q1/6809 ,  C12Q1/6895

Abstract: 本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种利用RNA‑seq技术构建EST‑SSR标记的方法与应用，包括如下步骤：利用RNA‑seq技术，构建RNA‑seq序列文库；将RNA‑seq序列文库中获得的片段进行组装，得到转录本；利用Misa软件对原生地样本转录本进行SSR预测和鉴定，得到SSR位点；设计SSR位点的引物，得到SSR引物对；利用blast软件将SSR引物对分别与入侵地样本转录本和原生地样本转录本进行序列相似比对，得到电子模拟PCR扩增片段，筛选片段大小不一致的标记，为EST‑SSR标记，最后进行PCR实验验证，分析这些标记在紫茎泽兰群体中的遗传多态性。

公开(公告)号：CN113151535A

公开(公告)日：2021-07-23

申请号：CN202110181512.2

申请日：2021-02-08

Applicant: 西北农林科技大学

Inventor： 聂小军 ,  宋卫宁 ,  杨光 ,  崔立操 ,  佘奎军

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6809 ,  C12N15/11 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明属于分子生物学技术领域，涉及一组菊科植物分子鉴定的叶绿体SSR标记引物及其获取方法。该叶绿体SSR标记引物为SSR1、SSR2或SSR3中的一种或几种，其获取方法包括：1.检索并获取菊科叶绿体基因组；2.预测并获得鉴定的菊科叶绿体基因组SSR位点，开发SSR标记；3.电子PCR扩增菊科叶绿体SSR标记，并筛选多态性SSR标记；4.验证和获得用于菊科物种分子鉴定的叶绿体SSR标记。该叶绿体SSR标记引物及其获取方法，建立了菊科叶绿体SSR位点的鉴定和多态性分析的方法，提高了多态性SSR标记的筛选效率，减轻了试验工作量、提高了试验效率、节约了成本。