公开(公告)号：CN103620608A

公开(公告)日：2014-03-05

申请号：CN201180048660.1

申请日：2011-10-04

Applicant: 皇家飞利浦电子股份有限公司 ,  冷泉港实验室

Inventor： N·班纳吉 ,  A·贾内夫斯基 ,  S·卡玛拉卡兰 ,  V·瓦拉达恩 ,  N·迪米特罗娃 ,  R·卢西托

IPC: G06F19/12

CPC classification number: G06F19/20 ,  G06F19/12 ,  G06F19/18

Abstract: 本发明涉及用于鉴定生物医学标记物之间多模态关联的方法，其允许确定网络节点和/或高评级网络成员或其组合，其代表对医学疾病特别是卵巢癌具有诊断、预后或预测值。本发明还涉及生物医学标记物或生物医学标记物组，其与对象对癌症治疗，优选基于铂的癌症治疗具有高响应性的可能性相关，其中所述生物医学标记物或生物医学标记物组包括选自PKMYT1、SKIL、RAB8A、HIRIP3、CTNNB1、NGFR、ZCCHC11、LSP1、CD200、PAX8、CYBRD1、HOXC11、TCEAL1、FZD10、FZD1、BBS4、IRS2、TLX3、TSPAN2、TXN和CFLAR的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或全部标记物。另外，提供了用于检测、诊断、分级、监测或预后医学疾病，或用于检测、诊断、监测或预后对象对针对所述医学疾病，特别是卵巢癌的治疗的响应性，以及提供了用于将对象分类的方法和医学决策支持系统。

公开(公告)号：CN102047257A

公开(公告)日：2011-05-04

申请号：CN200980119398.8

申请日：2009-05-14

Applicant: 皇家飞利浦电子股份有限公司 ,  冷泉港实验室

Inventor： N·迪米特罗瓦 ,  S·卡马拉卡兰 ,  R·卢西托

IPC: G06F19/20

CPC classification number: G06F19/20 ,  G06F19/24

Abstract: 提供了一种方法，该方法允许酶的自动选择用于诸如甲基化概况分析、芯片上的芯片和比较基因组杂交实验的方案中。该方法也使给定实验的微阵列上的空间最大化。这意味着来自微阵列的结果得到了改进。该方法也改进了微阵列上的有意义图样的zero-in和焦距。这增强了区分两个分开的样品类，如肿瘤与正常、恶性与非恶性、男性与女性样品等的能力。此外，也提供了计算机可读介质和装置。

公开(公告)号：CN101861398A

公开(公告)日：2010-10-13

申请号：CN200880107404.3

申请日：2008-09-16

Applicant: 皇家飞利浦电子股份有限公司 ,  冷泉港实验室

Inventor： S·卡马拉卡兰 ,  R·卢西托 ,  J·B·希克斯 ,  X·赵 ,  J·肯达尔

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6886 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2523/125

Abstract: 用于乳腺癌紊乱分析的方法，包含确定在从根据SEQ ID NO.1至10和/或SEQ ID NO.50至SEQ ID NO.60的序列群组中选择的序列中的一种或多种CpG二核苷酸的基因组甲基化状态。可选地，附加地执行下述步骤：将来自甲基化状态测试的一种或多种结果输入到从诊断多变量模型获得的分类器中，计算关于该样本是来自正常组织还是乳腺癌组织的可能性，和/或计算用于预测置信度的关联p值。

公开(公告)号：CN101802226A

公开(公告)日：2010-08-11

申请号：CN200880107276.2

申请日：2008-09-16

Applicant: 皇家飞利浦电子股份有限公司 ,  冷泉港实验室

Inventor： S·卡马拉卡兰 ,  R·卢西托 ,  J·B·希克斯

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6886 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156

Abstract: 本发明涉及用于分析卵巢癌病症的方法，包括确定选自SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.10和/或SEQ ID NO.50-SEQ ID NO.60的序列中一个或多个CpG二核苷酸的基因组甲基化状态。任选地，额外进行以下步骤：将来自甲基化状态测试的一个或多个结果输入获自诊断多变量模型的分类器，计算样品来自正常组织或卵巢癌组织的可能性，和/或，计算预测中的置信度的关联p-值。

公开(公告)号：CN1829805A

公开(公告)日：2006-09-06

申请号：CN200480020682.7

申请日：2004-05-21

Applicant: 冷泉港实验室

Inventor： M·H·威格勒 ,  J·希利 ,  R·卢西托

IPC: C12Q1/68

Abstract: 本发明提供了可以用来与核酸序列代表杂交的寡核苷酸探针。还提供了含有诸如微阵列这类探针的组合物。本发明还提供了在治疗、诊断和研究应用中使用这些探针的方法。提供了可以快速和准确地计数特定字符串(即核苷酸)出现在核苷酸序列(例如基因组)中的次数的字计数算法的系统和使用方法。这种算法可以用于鉴定本发明的寡核苷酸探针。该算法使用了基因组变换和辅助数据结构以计数特定字出现在基因组中的次数。