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公开(公告)号：CN116072222A
公开(公告)日：2023-05-05
申请号：CN202310123384.5
申请日：2023-02-16
Applicant: 湖南大学
Abstract: 本发明提供了一种病毒基因组鉴定和拼接的方法及应用。该方法包括：对于原始数据进行前处理。将高质量reads拼接为初始重叠群。以初始重叠群作为查询序列，对待鉴定病毒的蛋白序列做同源性搜索，得到潜在病毒重叠群。以潜在病毒重叠群作为查询序列在NCBI NR库中进行同源性搜索，保留潜在病毒重叠群中的最佳比对属于病毒的查询重叠群，作为目标病毒重叠群，并得到与目标病毒重叠群对应的最佳比对的病毒物种。从参考病毒基因组序列库中选择最佳比对的病毒物种所对应的参考基因组，对高质量reads进行拼接，得到待鉴定病毒的病毒基因组序列。上述方法可以实现从原始测序数据出发一条龙地输出样本中包含的病毒及其基因组序列和丰度。
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公开(公告)号：CN106487740A
公开(公告)日：2017-03-08
申请号：CN201510522515.2
申请日：2015-08-24
Applicant: 湖南大学
IPC: H04L29/06
CPC classification number: H04L63/0442 , H04L63/06 , H04L63/164
Abstract: 本发明公开了一种在网络层上进行文件安全传输的方法，能够实现基于ICMP协议的网络层上进行文件发送与接收。传输初始化时通讯双方采用非对称加密算法协商秘钥，协商完毕后采用对称加密算法对信息进行加密，使得传输过程中信息处于加密状态；采用滑动时间窗传输方法发送和接收报文，具有较高的数据传输效率；基于文件分块与校验和确认技术，支持数据的重传并保证数据的完整一致性。相比传统的基于应用层上的文件传输方法，本发明有着特殊的用途。此发明兼容目前的各种路由器，并能够穿越一些防火墙，实现文件的安全高效传输，具有较高的实用价值。
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公开(公告)号：CN116072222B
公开(公告)日：2024-02-06
申请号：CN202310123384.5
申请日：2023-02-16
Applicant: 湖南大学
Abstract: 本发明提供了一种病毒基因组鉴定和拼接的方法及应用。该方法包括：对于原始数据进行前处理。将高质量reads拼接为初始重叠群。以初始重叠群作为查询序列，对待鉴定病毒的蛋白序列做同源性搜索，得到潜在病毒重叠群。以潜在病毒重叠群作为查询序列在NCBI NR库中进行同源性搜索，保留潜在病毒重叠群中的最佳比对属于病毒的查询重叠群，作为目标病毒重叠群，并得到与目标病毒重叠群对应的最佳比对的病毒物种。从参考病毒基因组序列库中选择最佳比对的病毒物种所对应的参考基因组，对高质量reads进行拼接，得到待鉴定病毒的病毒基因组序列。上述方法可以实现从原始测序数据出发一条龙地输出样本中包含的病毒及其基因组序列
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公开(公告)号：CN116013417A
公开(公告)日：2023-04-25
申请号：CN202211639837.1
申请日：2022-12-20
Applicant: 湖南大学
IPC: G16B40/00 , G16B50/00 , G06F18/241 , G06F18/22
Abstract: 本发明提供了基于马尔科夫模型的噬菌体分类的方法，以科层级为例，对某个科构建的马尔科夫模型，计算该模型与其他科的病毒基因组的对数似然值LL，使用这些LL值拟合高斯分布的均值和方差从而得到该模型的对数似然值LL的高斯分布。在应用时，针对未分类的基因组得到LL值后，依据模型的高斯分布计算得到P值。后续可以根据P值划定可信度门槛。本发明不仅对较短的基因组片段(如几千碱基对长度)进行更准确的分类学分类指定，而且对与已知病毒基因组同源性较低的基因组片段预测指定准确的分类学分类。
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