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公开(公告)号：CN110879782B
公开(公告)日：2022-06-17
申请号：CN201911089914.9
申请日：2019-11-08
Applicant: 浪潮电子信息产业股份有限公司
IPC: G06F11/36
Abstract: 本申请公开了一种基因比对软件的测试方法、装置、设备及介质，包括：从已知基因序列中截取多个基因序列，得到第一基因序列；在第一基因序列中选取预设数量的基因序列，得到第二基因序列；在第二基因序列中植入变异点，得到第三基因序列；利用第三基因序列和第四基因序列构建目标fastQ文件；将目标fastQ文件输入至待测基因比对软件，以对待测基因比对软件测试结果的准确性进行验证。因为目标fastQ文件是一个已知的fastQ文件，所以，通过该文件就可以预知到正确的基因比对结果，因此，只需要将待测基因比对软件的测试结果与正确的基因比对结果进行比较，即可判断出待测基因比对软件的测试结果是否正确。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110942809A
公开(公告)日：2020-03-31
申请号：CN201911089927.6
申请日：2019-11-08
Applicant: 浪潮电子信息产业股份有限公司
IPC: G16B30/10
Abstract: 本申请公开了一种序列比对的Seed处理方法、系统、装置及计算机可读存储介质，根据Seed在待比对序列上的待比序列位置和在参考序列上的候选比对位置，确定出Seed之间两种位置相对关系一致的线性Seed，将线性Seed进行拼接，得到新的拼接Seed，再从包括拼接Seed和非线性Seed的Seed集中筛选出覆盖待比对序列同一碱基片段碱基最长的最长Seed，进一步再从Seed集中筛选出待比对序列上的每个目标碱基片段中覆盖目标碱基片段且终止位置大于无效Seed的Seed，得到综合各目标碱基片段的目标Seed得到目标Seed集，目标Seed集不包括最长Seed集中的Seed，综合减少后续序列比对算法进行扩展时使用的Seed数量，从而减少比对系统的计算量，提高基因序列比对的匹配精度和处理性能。
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公开(公告)号：CN110534158A
公开(公告)日：2019-12-03
申请号：CN201910760811.4
申请日：2019-08-16
Applicant: 浪潮电子信息产业股份有限公司
Abstract: 本申请公开了一种基因序列比对方法、装置、服务器及介质，包括：对待比对基因序列进行分割，得到第一种子序列集；从参考序列中查找目标种子序列的位置；目标种子序列为与第一种子序列集中的种子序列相同的种子序列；从目标种子序列中确定出第二种子序列集；第二种子序列集中的多个种子序列之间的相对位置关系与第一种子序列集中的相应种子序列之间的相对位置关系一致；确定每个第二种子序列集的有效比对位置；第二种子序列集的有效比对位置为第二种子序列集中的任一种子序列的位置；基于每个有效比对位置在待比对基因序列和参考序列之间展开基因序列比对得到比对结果。这样，提高了基因序列比对的效率和精度。
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公开(公告)号：CN110534158B
公开(公告)日：2023-08-04
申请号：CN201910760811.4
申请日：2019-08-16
Applicant: 浪潮电子信息产业股份有限公司
Abstract: 本申请公开了一种基因序列比对方法、装置、服务器及介质，包括：对待比对基因序列进行分割，得到第一种子序列集；从参考序列中查找目标种子序列的位置；目标种子序列为与第一种子序列集中的种子序列相同的种子序列；从目标种子序列中确定出第二种子序列集；第二种子序列集中的多个种子序列之间的相对位置关系与第一种子序列集中的相应种子序列之间的相对位置关系一致；确定每个第二种子序列集的有效比对位置；第二种子序列集的有效比对位置为第二种子序列集中的任一种子序列的位置；基于每个有效比对位置在待比对基因序列和参考序列之间展开基因序列比对得到比对结果。这样，提高了基因序列比对的效率和精度。
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公开(公告)号：CN110942809B
公开(公告)日：2022-06-10
申请号：CN201911089927.6
申请日：2019-11-08
Applicant: 浪潮电子信息产业股份有限公司
IPC: G16B30/10
Abstract: 本申请公开了一种序列比对的Seed处理方法、系统、装置及计算机可读存储介质，根据Seed在待比对序列上的待比序列位置和在参考序列上的候选比对位置，确定出Seed之间两种位置相对关系一致的线性Seed，将线性Seed进行拼接，得到新的拼接Seed，再从包括拼接Seed和非线性Seed的Seed集中筛选出覆盖待比对序列同一碱基片段碱基最长的最长Seed，进一步再从Seed集中筛选出待比对序列上的每个目标碱基片段中覆盖目标碱基片段且终止位置大于无效Seed的Seed，得到综合各目标碱基片段的目标Seed得到目标Seed集，目标Seed集不包括最长Seed集中的Seed，综合减少后续序列比对算法进行扩展时使用的Seed数量，从而减少比对系统的计算量，提高基因序列比对的匹配精度和处理性能。
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公开(公告)号：CN110879782A
公开(公告)日：2020-03-13
申请号：CN201911089914.9
申请日：2019-11-08
Applicant: 浪潮电子信息产业股份有限公司
IPC: G06F11/36
Abstract: 本申请公开了一种基因比对软件的测试方法、装置、设备及介质，包括：从已知基因序列中截取多个基因序列，得到第一基因序列；在第一基因序列中选取预设数量的基因序列，得到第二基因序列；在第二基因序列中植入变异点，得到第三基因序列；利用第三基因序列和第四基因序列构建目标fastQ文件；将目标fastQ文件输入至待测基因比对软件，以对待测基因比对软件测试结果的准确性进行验证。因为目标fastQ文件是一个已知的fastQ文件，所以，通过该文件就可以预知到正确的基因比对结果，因此，只需要将待测基因比对软件的测试结果与正确的基因比对结果进行比较，即可判断出待测基因比对软件的测试结果是否正确。
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