结构搜索程序、结构搜索设备和结构搜索方法

    公开(公告)号:CN114300037A

    公开(公告)日:2022-04-08

    申请号:CN202110929381.1

    申请日:2021-08-13

    Inventor: 佐藤博之

    Abstract: 本发明涉及结构搜索程序、结构搜索设备和结构搜索方法。结构搜索程序被配置成搜索其中多个基团链接的化合物的结构,其中计算机执行以下处理:确定包括作为用于使系数值成为预定值的项的约束项的目标函数,所述系数值表示参考三维晶格空间中的多个晶格点中的晶格点之间的距离中的最短距离的基团间距离,基团间距离是布置在第一晶格点处的第一基团与布置在第二晶格点处并且链接至第一基团的第二基团之间的距离;以及通过基于目标函数将多个基团布置在作为多个晶格点的集合的晶格点处,来创建化合物的三维结构。

    存储搜索程序的计算机可读记录介质及搜索设备与方法

    公开(公告)号:CN116798543A

    公开(公告)日:2023-09-22

    申请号:CN202310047146.0

    申请日:2023-01-16

    Abstract: 本公开涉及存储搜索程序的计算机可读记录介质及搜索设备与方法。一种存储搜索程序的非暂态计算机可读记录介质,该搜索程序用于使计算机执行包括以下的处理:获得与粗粒化粒子之间的相互作用对应的第一势的第一成本值、与粒子之间的角度和二面角对应的第二势的第二成本值以及与粒子之间的斥力和引力对应的第三势的第三成本值;以及指示伊辛设备搜索粗粒化模型的结构,利用该结构针对包括多个粒子的粗粒化模型的整体计算的第一成本值、第二成本值和第三成本值的总和满足预定条件。

    存储介质、搜索方法和搜索设备
    3.
    发明公开

    公开(公告)号:CN115798571A

    公开(公告)日:2023-03-14

    申请号:CN202210703205.0

    申请日:2022-06-21

    Abstract: 公开了存储介质、搜索方法和搜索设备。一种存储搜索程序的非暂态计算机可读存储介质,所述搜索程序使至少一个计算机执行处理,所述处理包括:基于第一成本算术表达式的值来搜索作为组合优化问题的答案的、中等分子中包括的多个氨基酸的第一排列,第一成本算术表达式在多个氨基酸的L型与D型之间不进行区分;通过将第一排列设置为搜索的初始排列而基于第二成本算术表达式的值来搜索作为组合优化问题的答案的多个氨基酸的第二排列,第二成本算术表达式在多个氨基酸的L型与D型之间进行区分;以及输出第二排列。

    结构搜索方法、结构搜索设备和记录介质

    公开(公告)号:CN112837763A

    公开(公告)日:2021-05-25

    申请号:CN202011210162.X

    申请日:2020-11-03

    Inventor: 佐藤博之

    Abstract: 提供了结构搜索方法、结构搜索设备和记录介质。结构搜索方法包括:通过计算机在三维晶格空间的多个晶格点中的每个晶格点处顺序地布置n个化合物基团,以在三维晶格空间中创建化合物的三维结构,n个化合物基团在化合物中彼此耦联;以及通过对基于针对每个晶格点的约束条件而变换的伊辛模型执行使用退火方法的基态搜索来计算伊辛模型的最小能量,该约束条件包括:n个化合物基团中的每个化合物基团被布置在仅一个晶格点处的第一约束;n个化合物基团在每个晶格点处彼此不交叠的第二约束;以及第三约束,其与n个化合物基团的耦联相关并且在不满足该约束时增加所计算的伊辛模型的能量。

    结合结构搜索装置、结合结构搜索方法以及介质

    公开(公告)号:CN111816257A

    公开(公告)日:2020-10-23

    申请号:CN202010186715.6

    申请日:2020-03-17

    Inventor: 佐藤博之

    Abstract: 本公开涉及结合结构搜索装置、结合结构搜索方法以及介质。结合结构搜索装置被配置成搜索分子的稳定结合结构,其包括创建单元,其中,将分子以至少一个分割点进行分割,并且视为具有包括一个分割点的一个线性分子单元和包括该一个分割点的另一线性分子单元的结构,线性分子单元和其他线性分子单元被布置在作为一组晶格的三维晶格空间的每个晶格点处,包括相同分割点的线性分子单元被布置成彼此不交叠,并且还被布置成使得相同分割点位于相同晶格点处,并且创建单元被配置成在三维晶格空间中创建分子的立体结构。

    稳定结构搜索系统、稳定结构搜索方法及存储介质

    公开(公告)号:CN115458041A

    公开(公告)日:2022-12-09

    申请号:CN202210257723.4

    申请日:2022-03-16

    Abstract: 一种稳定结构搜索系统,包括:计算单元,其基于多种分子的每个相互作用势来获取多种分子中的每种分子与目标分子中包括的第一分子之间的多个结构相似度,获取多种分子中的每种分子与第一分子之间的多个电荷相似度,以及基于多个结构相似度中的每个结构相似度与多个电荷相似度中的每个电荷相似度的总和来获取多个总相似度;以及识别单元,其确定多种分子中总相似度最大的第二分子,基于第二分子的相互作用势来获取目标分子的分子结构的能量。

    结构搜索方法、结构搜索设备和计算机可读存储介质

    公开(公告)号:CN113764053A

    公开(公告)日:2021-12-07

    申请号:CN202110281398.0

    申请日:2021-03-16

    Abstract: 提供了结构搜索方法、结构搜索设备和计算机可读存储介质。搜索其中多个化合物残基键合在一起的化合物的稳定结构的结构搜索设备包括:存储器;以及耦接至存储器的处理器电路,该处理器电路被配置成执行处理,该处理包括:执行相互作用势识别处理,该相互作用势识别处理被配置成识别多个化合物残基之中的化合物残基x与化合物残基y之间的相互作用势;执行空间结构识别处理,该空间结构识别处理被配置成通过考虑由相互作用势识别处理识别的相互作用势在作为晶格点的集合的三维晶格空间中的晶格点处布置多个化合物残基,来识别在三维晶格空间中的化合物的空间结构;以及响应于所获得的识别结果,输出指示所识别的化合物的空间结构的识别结果。

    用于检索环状分子的结构的方法和装置以及记录介质

    公开(公告)号:CN111261235A

    公开(公告)日:2020-06-09

    申请号:CN201911163080.1

    申请日:2019-11-22

    Inventor: 佐藤博之

    Abstract: 包括以下的方法:将数目为n的化合物基团中的每一个布置在每个格点上以在三维格点空间中创建环状分子的三维结构,其中所述格点是作为格点集合的三维格点空间的格点,所述方法是使用计算机检索环状分子的稳定结构的方法,其中化合物基团连接以形成环,并且其中在数目(n)为奇数的情况下,该布置包括:将连接基团插入到环状分子内以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间,将连接基团布置在格点上,并以以下方式调整该布置:以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团不彼此正对,并且连接基团在二者之间。

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