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公开(公告)号：CN111793695A
公开(公告)日：2020-10-20
申请号：CN202010866899.0
申请日：2020-08-25
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院 , 上海普恩海汇医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/6869 , G16B30/10
Abstract: 本申请公开了肠癌分子分型系统。该系统包括：(1)测序文库构建模块，用于从样品RNA构建测序文库；(2)定量测序模块，用于对所述测序文库进行定量和测序；(3)归一化模块，用于对定量和测序结果进行归一化；和(4)CMS分型模块，用于对归一化结果进行分子分型。
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公开(公告)号：CN104975082B
公开(公告)日：2018-11-02
申请号：CN201510305786.2
申请日：2015-06-05
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一组用于评估肺癌预后的基因，包括SEQ ID No.5～SEQ ID No.8所示核苷酸序列的基因。此外，本发明还公开了上述基因组的应用，包括在制备用于肺癌预后的基因芯片中的应用，以及在制备用于肺癌预后的试剂盒中的应用。本发明有助于提高结肺癌患者术后的生存率。在肺癌患者接受根治性手术后，即可通过对上述基因芯片的检测和联合分析，快速评估该患者术后复发转移或死亡的风险级别，从而能够对风险级别高的患者及早地进行辅助治疗，帮助延长患者的生存时间。
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公开(公告)号：CN104975082A
公开(公告)日：2015-10-14
申请号：CN201510305786.2
申请日：2015-06-05
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
CPC classification number: C12Q1/6886 , C12Q2600/118 , C12Q2600/158 , C12Q2600/166
Abstract: 本发明公开了一组用于评估肺癌预后的基因，包括SEQ ID No.5～SEQ ID No.8所示核苷酸序列的基因。此外，本发明还公开了上述基因组的应用，包括在制备用于肺癌预后的基因芯片中的应用，以及在制备用于肺癌预后的试剂盒中的应用。本发明有助于提高结肺癌患者术后的生存率。在肺癌患者接受根治性手术后，即可通过对上述基因芯片的检测和联合分析，快速评估该患者术后复发转移或死亡的风险级别，从而能够对风险级别高的患者及早地进行辅助治疗，帮助延长患者的生存时间。
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公开(公告)号：CN116798520B
公开(公告)日：2024-08-23
申请号：CN202310769610.7
申请日：2023-06-28
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院 , 北京谷海天目生物医学科技有限公司
IPC: G16B40/00 , G16B20/30 , G16B25/10 , G16B50/30 , G16H50/20 , G16H50/70 , G06F18/2411 , G06F18/214 , G06N20/10
Abstract: 本发明涉及一种鳞状细胞癌组织起源位点蛋白标志物预测模型的构建方法，包括如下步骤：1、收集肿瘤样本的临床诊断数据和蛋白质表达谱数据，构建常见鳞状细胞癌蛋白质表达谱数据库；2、蛋白表达谱预处理和实验过滤；3、鳞状细胞癌组织起源模型分类器特征蛋白的选择；4、建立鳞状细胞癌组织起源位点蛋白标志物预测模型，利用鳞状细胞癌组织起源位点蛋白标志物预测模型判断常见鳞状细胞癌的原发位点。与现有技术相比，本发明通过分子流行病学研究手段，结合生物信息学分析及机器学习，整合微观与宏观鳞状细胞癌组织起源判读因素，建立常见鳞状细胞癌组织起源预测模型，为最终构建针对性的鳞状细胞癌诊断治疗策略打下基础。
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公开(公告)号：CN113219189A
公开(公告)日：2021-08-06
申请号：CN202110491188.4
申请日：2021-05-06
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明提供的一种样本自动化处理系统，包括：样本接收和登记模块、离心机模块、样本分装模块、核酸提取模块、自动化存储模块和样本信息管理服务器，通过自动化流水线的方式整合了样本的制备、检测、质控和存储，具有完整的样本信息覆盖每个处理步骤，样本信息也能实施与实验室信息管理服务器进行数据交互进入数据库中，减少了人工操作，降低人为错误，样本信息形成闭环，提高样本可信度。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115188415B
公开(公告)日：2024-12-20
申请号：CN202210817322.X
申请日：2022-07-12
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明涉及一种基于免疫特征的肠癌分子分型方法和装置，方法包括以下步骤：获取结直肠癌的队列数据、基因表达谱和临床信息数据；获取免疫相关特性，基于该该免疫相关特征的富集分数从获取的结直肠癌的队列数据、基因表达谱和临床信息数据中，获取预后相关免疫特征；根据预后相关免疫特征进行亚型鉴定和验证；根据获取的亚型对患者信息数据进行分类，确定肠癌表型。与现有技术相比，本发明结直肠癌分子分型精准度高、可靠性高等优点。
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公开(公告)号：CN116798520A
公开(公告)日：2023-09-22
申请号：CN202310769610.7
申请日：2023-06-28
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院 , 北京谷海天目生物医学科技有限公司
IPC: G16B40/00 , G16B20/30 , G16B25/10 , G16B50/30 , G16H50/20 , G16H50/70 , G06F18/2411 , G06F18/214 , G06N20/10
Abstract: 本发明涉及一种鳞状细胞癌组织起源位点蛋白标志物预测模型的构建方法，包括如下步骤：1、收集肿瘤样本的临床诊断数据和蛋白质表达谱数据，构建常见鳞状细胞癌蛋白质表达谱数据库；2、蛋白表达谱预处理和实验过滤；3、鳞状细胞癌组织起源模型分类器特征蛋白的选择；4、建立鳞状细胞癌组织起源位点蛋白标志物预测模型，利用鳞状细胞癌组织起源位点蛋白标志物预测模型判断常见鳞状细胞癌的原发位点。与现有技术相比，本发明通过分子流行病学研究手段，结合生物信息学分析及机器学习，整合微观与宏观鳞状细胞癌组织起源判读因素，建立常见鳞状细胞癌组织起源预测模型，为最终构建针对性的鳞状细胞癌诊断治疗策略打下基础。
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公开(公告)号：CN115019967A
公开(公告)日：2022-09-06
申请号：CN202210580386.2
申请日：2022-05-25
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
IPC: G16H50/30 , G16H50/70 , G16B20/00 , G06F16/2458
Abstract: 本发明涉及一种基于免疫相关基因的肉瘤分子分型预测方法，包括：步骤1：获取肉瘤队列数据，以及基因表达谱和临床信息数据；步骤2：获取免疫相关基因；步骤3：进行亚型识别；步骤4：筛选共表达模块，确定肉瘤的分子分型结果；步骤5：构建风险指数SRI模型；步骤6：基于SRI值对肉瘤进行预后风险划分划分。与现有技术相比，本发明具有准确度高、可靠性好等优点。
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公开(公告)号：CN114493018A
公开(公告)日：2022-05-13
申请号：CN202210110023.2
申请日：2022-01-29
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院 , 上海市胸科医院
IPC: G06Q10/04 , G16B20/00 , G16H50/30 , C12Q1/6886
Abstract: 本发明涉及一种基于脂代谢基因的肺腺癌预后预测方法和装置，方法包括以下步骤：获取待测样本，对该待测样本的多个基因的RNA表达水平进行检测，所述多个基因包括GAPDH基因、GNPNAT1基因、HTATIP2基因、MFI2基因、PKP2基因、RGS20基因和CHRDL1基因；根据检测出的多个基因的RNA表达水平，计算肺腺癌预后风险评分。与现有技术相比，本发明得到的7基因模型具有较强的鲁棒性，能够在不同平台的数据集中发挥稳定的预测效能；在训练集和验证集中都具有较好的AUC，并且是具有独立于临床特征的模型。
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公开(公告)号：CN114373548A
公开(公告)日：2022-04-19
申请号：CN202210105091.X
申请日：2022-01-28
Applicant: 复旦大学附属肿瘤医院
Abstract: 本发明涉及一种基于代谢基因建立的胰腺癌预后风险预测方法和装置，方法包括以下步骤：获取GJB5基因表达水平数据、MET基因表达水平数据、TMEM139基因表达水平数据和AFF3基因表达水平数据，从而计算胰腺癌患者的预后风险评分。与现有技术相比，本发明提出的4基因模型具有较强的鲁棒性，能够在不同平台的数据集中发挥稳定的预测效能，具有效能优良、检测基因数少等优点。
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