公开(公告)号：CN118039001A

公开(公告)日：2024-05-14

申请号：CN202410180566.0

申请日：2024-02-18

Applicant: 南开大学

Inventor： 付浩浩 ,  卞恒伟 ,  刘煦阳 ,  邵学广 ,  蔡文生

IPC: G16C10/00 ,  G16C20/50 ,  G16C20/70 ,  G16B15/30 ,  G16B40/00 ,  G06F18/214 ,  G06N3/0455

Abstract: 本发明公开了一种无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，包括：步骤一，基于受体蛋白和配体结构，采用软件得到粗糙复合物结构，并用WangLandau模拟方法，以配体和蛋白质的分子结构体系、分子间相互作用的势能函数为主要模拟参数作为输入进行分子动力学模拟，得到复合物体系分子动力学的轨迹文件；步骤二，由所述轨迹文件数据对应的高维向量信息建立训练集、验证集和测试集，训练所述流模型找到最低自由能构像，即将训练结果中概率密度最高的结构选为最优结构；步骤三，将生成的所述最优结构作为输入文件，进行结合自由能计算。本发明提出了一种无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，解决了精确的复合物结构获得困难这一问题。