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公开(公告)号：CN109300508B
公开(公告)日：2020-08-11
申请号：CN201710611123.2
申请日：2017-07-25
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
Abstract: 一种DNA数据存储的编码解码方法，它包括数据编码和数据解码，其特征是所述的数据编码包含以下步骤：数据压缩，即先将一个或多个电子文档打包成单个文件。数据转码，即压缩文件以二进制形式读取，然后将二进制数据转成整数型数值串。数据加冗余,即利用RS编码系统进行纠错编码，生成数据冗余增加的整数型数值串。数据第二次转码，即将加冗余后的整数型数值串转码成可以用于芯片合成的DNA序列集。数据读取为数据编码的反向过程。与其他算法相比，该框架通过全新的5比特编码框架更好的对接CustomArray高通量合成平台，其编码潜力（Coding potential）为1.67；同时该算法利用TAR和LZMA压缩算法以及RS编码系统的联合使用策略，在降低数据冗余和增加纠错能力之间保持好平衡。
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公开(公告)号：CN120060433A
公开(公告)日：2025-05-30
申请号：CN202411730948.2
申请日：2024-11-29
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供用于纳米孔直接RNA检测的样品制备方法，包括：(1)使待测RNA与反转录接头连接；2)在存在模板转换寡核苷酸的条件下，使用具有末端转移酶活性的反转录酶进行反转录产生待测RNA的互补多核苷酸并在其3’端添加非模板核苷酸，所述模板转换寡核苷酸的3’端可与所述非模板核苷酸杂交，以使所述反转录酶以模板转换寡核苷酸作为第二模板进行反转录，延伸所述互补多核苷酸以包含与所述模板转换寡核苷酸互补的序列；3)修复模板转化寡核苷酸与待测RNA之间的缺刻，并在待测RNA的另一端连接纳米孔测序接头，以产生能够用于纳米孔直接RNA测序的样品。
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公开(公告)号：CN118077011A
公开(公告)日：2024-05-24
申请号：CN202380011162.2
申请日：2023-09-28
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司 , 上海金斯康生物科技有限公司
Abstract: 提供一种用于降低外源核酸免疫原性的密码子优化方法，该方法包括以下步骤：a)获得初始核酸序列群体集，其中所述初始核酸序列群体集包含能够表达目标蛋白质的多个初始候选核酸序列；b)基于所述初始核酸序列群体集，使用组合优化问题求解算法执行受到限制的CpG指数和协调指数的优化，从而获得能够表达所述蛋白质的多个优化的低免疫原性核酸序列。
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公开(公告)号：CN109971825B
公开(公告)日：2020-11-10
申请号：CN201711460204.3
申请日：2017-12-28
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本申请提供了一种快速制备桑格测序模板的方法，包括：对包含环状DNA样本进行变性处理；对变性产物进行滚环扩增；用通过碱性磷酸酶处理滚环扩增产物去除其中残余的dNTP。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109300508A
公开(公告)日：2019-02-01
申请号：CN201710611123.2
申请日：2017-07-25
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
Abstract: 一种DNA数据存储的编码解码方法，它包括数据编码和数据解码，其特征是所述的数据编码包含以下步骤：数据压缩，即先将一个或多个电子文档打包成单个文件。数据转码，即压缩文件以二进制形式读取，然后将二进制数据转成整数型数值串。数据加冗余,即利用RS编码系统进行纠错编码，生成数据冗余增加的整数型数值串。数据第二次转码，即将加冗余后的整数型数值串转码成可以用于芯片合成的DNA序列集。数据读取为数据编码的反向过程。与其他算法相比，该框架通过全新的5比特编码框架更好的对接CustomArray高通量合成平台，其编码潜力（Coding potential）为1.67；同时该算法利用TAR和LZMA压缩算法以及RS编码系统的联合使用策略，在降低数据冗余和增加纠错能力之间保持好平衡。
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公开(公告)号：CN118382706A
公开(公告)日：2024-07-23
申请号：CN202280083286.7
申请日：2022-12-15
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6844 , C12Q1/6869 , C12N9/22
Abstract: 一种整合位点的检测方法。所述方法包括a)将含有经修饰核酸的宿主DNA片段化得到线性核酸片段；b)将所述线性核酸片段环化得到双链环化产物，除去未环化的线性核酸片段；c)以所述双链环化产物为模板，用特异性结合所述经修饰核酸的引物进行滚环扩增；d)将扩增产物片段化并建立测序文库；e)对所述测序文库进行上机测序，得到测序结果；和f)将测序结果与所述宿主DNA的原始序列进行比对，以确定所述经修饰核酸在所述宿主DNA中的整合位点。
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公开(公告)号：CN109971833B
公开(公告)日：2020-11-20
申请号：CN201711462509.8
申请日：2017-12-28
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
IPC: C12Q1/6844 , C40B50/06 , C12Q1/6869
Abstract: 本申请提供了一种快速均一化环状DNA样本的方法，包括对各样本中的环状DNA实施滚环扩增，从而使各样本中环状DNA的浓度均一化。
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公开(公告)号：CN109971833A
公开(公告)日：2019-07-05
申请号：CN201711462509.8
申请日：2017-12-28
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
IPC: C12Q1/6844 , C40B50/06 , C12Q1/6869
Abstract: 本申请提供了一种快速均一化环状DNA样本的方法，包括对各样本中的环状DNA实施滚环扩增，从而使各样本中环状DNA的浓度均一化。
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公开(公告)号：CN109971825A
公开(公告)日：2019-07-05
申请号：CN201711460204.3
申请日：2017-12-28
Applicant: 南京金斯瑞生物科技有限公司
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本申请提供了一种快速制备桑格测序模板的方法，包括：对包含环状DNA样本进行变性处理；对变性产物进行滚环扩增；用通过碱性磷酸酶处理滚环扩增产物去除其中残余的dNTP。
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