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公开(公告)号：CN118298914B
公开(公告)日：2024-12-20
申请号：CN202410106735.6
申请日：2024-01-25
Applicant: 南京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种植物细胞器泛结构组装及统计不同构象频数的方法，属于生物信息领域。该方法先对植物样本进行HiFi测序，利用Jellyfish和Genomescope软件对HiFi数据进行植物基因组大小评估；然后利用Flye对HiFi测序数据进行基因组组装，获得Contigs序列以及Contigs的初始装配文件；在通过利用Blastn将植物线粒体基因组的保守蛋白序列和植物叶绿体基因组序列比对到所有Contigs的序列等步骤，实现植物细胞器泛结构组装，并统计不同构象频数。结果证实：本方法在组装准确性和完整性方面优于现有的细胞器基因组组装器，且只需要1×HiFi测序数据就可以获得完整的植物细胞器基因组。
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公开(公告)号：CN115449543B
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202211009304.5
申请日：2022-08-22
Applicant: 南京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6895 , G16B20/30
Abstract: 本发明公开了一种基于三代全基因组测序数据的植物线粒体基因组多构型组装方法，属于生物信息技术领域。本发明利用NewBler组装软件可保留所有Contigs之间可能连接的特点，以及三代WGS数据中线粒体与叶绿体、细胞核序列的拷贝数差异，且三代测序reads可跨过重复序列的优势，构建一套适合三代全平台(PacBio/Nanopore/HiFi)测序数据的植物线粒体基因组多构型组装流程。该流程在组装线粒体基因组过程中遇到重复序列导致的多分支时能保留所有可能的连接并继续延伸，直至形成闭环，因此能够解析线粒体基因组的所有可能构型，相比现有植物线粒体基因组组装技术具有准确度更高的优点。
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公开(公告)号：CN118298914A
公开(公告)日：2024-07-05
申请号：CN202410106735.6
申请日：2024-01-25
Applicant: 南京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种植物细胞器泛结构组装及统计不同构象频数的方法，属于生物信息领域。该方法先对植物样本进行HiFi测序，利用Jellyfish和Genomescope软件对HiFi数据进行植物基因组大小评估；然后利用Flye对HiFi测序数据进行基因组组装，获得Contigs序列以及Contigs的初始装配文件；在通过利用Blastn将植物线粒体基因组的保守蛋白序列和植物叶绿体基因组序列比对到所有Contigs的序列等步骤，实现植物细胞器泛结构组装，并统计不同构象频数。结果证实：本方法在组装准确性和完整性方面优于现有的细胞器基因组组装器，且只需要1×HiFi测序数据就可以获得完整的植物细胞器基因组。
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公开(公告)号：CN115449543A
公开(公告)日：2022-12-09
申请号：CN202211009304.5
申请日：2022-08-22
Applicant: 南京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6895 , G16B20/30
Abstract: 本发明公开了一种基于三代全基因组测序数据的植物线粒体基因组多构型组装方法，属于生物信息技术领域。本发明利用NewBler组装软件可保留所有Contigs之间可能连接的特点，以及三代WGS数据中线粒体与叶绿体、细胞核序列的拷贝数差异，且三代测序reads可跨过重复序列的优势，构建一套适合三代全平台(PacBio/Nanopore/HiFi)测序数据的植物线粒体基因组多构型组装流程。该流程在组装线粒体基因组过程中遇到重复序列导致的多分支时能保留所有可能的连接并继续延伸，直至形成闭环，因此能够解析线粒体基因组的所有可能构型，相比现有植物线粒体基因组组装技术具有准确度更高的优点。
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