公开(公告)号：CN115449543B

公开(公告)日：2024-11-26

申请号：CN202211009304.5

申请日：2022-08-22

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 毕长伟 ,  渠堰墅 ,  尹佟明 ,  杨金宏 ,  孙宁 ,  王苏燕

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明公开了一种基于三代全基因组测序数据的植物线粒体基因组多构型组装方法，属于生物信息技术领域。本发明利用NewBler组装软件可保留所有Contigs之间可能连接的特点，以及三代WGS数据中线粒体与叶绿体、细胞核序列的拷贝数差异，且三代测序reads可跨过重复序列的优势，构建一套适合三代全平台(PacBio/Nanopore/HiFi)测序数据的植物线粒体基因组多构型组装流程。该流程在组装线粒体基因组过程中遇到重复序列导致的多分支时能保留所有可能的连接并继续延伸，直至形成闭环，因此能够解析线粒体基因组的所有可能构型，相比现有植物线粒体基因组组装技术具有准确度更高的优点。

公开(公告)号：CN115449543A

公开(公告)日：2022-12-09

申请号：CN202211009304.5

申请日：2022-08-22

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 毕长伟 ,  渠堰墅 ,  尹佟明 ,  杨金宏 ,  孙宁 ,  王苏燕

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明公开了一种基于三代全基因组测序数据的植物线粒体基因组多构型组装方法，属于生物信息技术领域。本发明利用NewBler组装软件可保留所有Contigs之间可能连接的特点，以及三代WGS数据中线粒体与叶绿体、细胞核序列的拷贝数差异，且三代测序reads可跨过重复序列的优势，构建一套适合三代全平台(PacBio/Nanopore/HiFi)测序数据的植物线粒体基因组多构型组装流程。该流程在组装线粒体基因组过程中遇到重复序列导致的多分支时能保留所有可能的连接并继续延伸，直至形成闭环，因此能够解析线粒体基因组的所有可能构型，相比现有植物线粒体基因组组装技术具有准确度更高的优点。