公开(公告)号：CN118298914B

公开(公告)日：2024-12-20

申请号：CN202410106735.6

申请日：2024-01-25

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 毕长伟 ,  韩富川 ,  尹佟明

IPC: G16B20/30 ,  G16B30/00 ,  G16B20/40 ,  G16B5/20

Abstract: 本发明公开了一种植物细胞器泛结构组装及统计不同构象频数的方法，属于生物信息领域。该方法先对植物样本进行HiFi测序，利用Jellyfish和Genomescope软件对HiFi数据进行植物基因组大小评估；然后利用Flye对HiFi测序数据进行基因组组装，获得Contigs序列以及Contigs的初始装配文件；在通过利用Blastn将植物线粒体基因组的保守蛋白序列和植物叶绿体基因组序列比对到所有Contigs的序列等步骤，实现植物细胞器泛结构组装，并统计不同构象频数。结果证实：本方法在组装准确性和完整性方面优于现有的细胞器基因组组装器，且只需要1×HiFi测序数据就可以获得完整的植物细胞器基因组。

公开(公告)号：CN118298914A

公开(公告)日：2024-07-05

申请号：CN202410106735.6

申请日：2024-01-25

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 毕长伟 ,  韩富川 ,  尹佟明

IPC: G16B20/30 ,  G16B30/00 ,  G16B20/40 ,  G16B5/20

Abstract: 本发明公开了一种植物细胞器泛结构组装及统计不同构象频数的方法，属于生物信息领域。该方法先对植物样本进行HiFi测序，利用Jellyfish和Genomescope软件对HiFi数据进行植物基因组大小评估；然后利用Flye对HiFi测序数据进行基因组组装，获得Contigs序列以及Contigs的初始装配文件；在通过利用Blastn将植物线粒体基因组的保守蛋白序列和植物叶绿体基因组序列比对到所有Contigs的序列等步骤，实现植物细胞器泛结构组装，并统计不同构象频数。结果证实：本方法在组装准确性和完整性方面优于现有的细胞器基因组组装器，且只需要1×HiFi测序数据就可以获得完整的植物细胞器基因组。