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公开(公告)号：CN113707216A
公开(公告)日：2021-11-26
申请号：CN202110896995.4
申请日：2021-08-05
Applicant: 北京科技大学
Abstract: 本发明提供一种浸润免疫细胞比例计数方法，属于生物信息学与计算生物学技术领域。所述方法包括：将基因表达谱数据转化为免疫细胞的标记基因的线性组合，得到线性组合方程；基于得到的线性组合方程，构建用于反卷积求解免疫细胞比例的支持向量回归模型；输入训练集，利用粒子群算法对构建的支持向量回归模型进行迭代优化，其中，所述训练集中的每个样本包含个体抽检组织中不同基因的表达谱数据；利用优化后的支持向量回归模型，求解免疫细胞比例。采用本发明，能够显著降低未知混合物含量对免疫细胞比例计数，提高免疫细胞比例计数的准确度。
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公开(公告)号：CN117912570B
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202410313618.7
申请日：2024-03-19
Applicant: 北京科技大学
Abstract: 本发明提供一种基于基因共表达网络的分类特征确定方法及系统，涉及数据处理技术领域，方法包括：获取样本数据；提取样本数据的基因特征；分析确定出正常组与癌症组之间具有差异性的基因特征；计算基因特征之间的相关性；通过马尔可夫毯滤波算法，对基因特征进行冗余特征消除，得到最优特征集合；构建加权基因共表达网络；确定枢纽基因；对枢纽基因进行聚类分析，并对各类基因模块中的基因特征的表达量进行汇总，得到模块特征基因；对枢纽基因、模块特征基因、癌症组织浸润微生物含量以及免疫细胞含量进行特征组合，得到多种组合特征；通过逻辑回归模型，基于各种组合特征对样本数据进行分类；基于分类结果，确定分类效果最佳的组合特征。
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公开(公告)号：CN117912570A
公开(公告)日：2024-04-19
申请号：CN202410313618.7
申请日：2024-03-19
Applicant: 北京科技大学
Abstract: 本发明提供一种基于基因共表达网络的分类特征确定方法及系统，涉及数据处理技术领域，方法包括：获取样本数据；提取样本数据的基因特征；分析确定出正常组与癌症组之间具有差异性的基因特征；计算基因特征之间的相关性；通过马尔可夫毯滤波算法，对基因特征进行冗余特征消除，得到最优特征集合；构建加权基因共表达网络；确定枢纽基因；对枢纽基因进行聚类分析，并对各类基因模块中的基因特征的表达量进行汇总，得到模块特征基因；对枢纽基因、模块特征基因、癌症组织浸润微生物含量以及免疫细胞含量进行特征组合，得到多种组合特征；通过逻辑回归模型，基于各种组合特征对样本数据进行分类；基于分类结果，确定分类效果最佳的组合特征。
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