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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN101751416A
公开(公告)日：2010-06-23
申请号：CN200810227539.5
申请日：2008-11-28
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F17/30
Abstract: 本发明提供一种对字符串进行排序的方法，包括：为所要排序的所有字符串中的字符分类，为一个类别的字符赋予一个数值，不同类别的字符所赋予的数值互不相同；结合各个字符所赋予的值，采用哥德尔编码方法对所要排序的各个字符串分别进行编码，一个字符串得到一个用数字表示的哥德尔编码值；对所要排序的所有字符串比较它们的哥德尔编码值，根据所述哥德尔编码值间的大小，对所述字符串做排序操作。本发明采用哥德尔编码方法将字符串映射成用浮点数表示的哥德尔编码值，然后通过对所述的哥德尔编码值的排序实现对字符串的排序，显著提高了排序效率。
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公开(公告)号：CN101714187A
公开(公告)日：2010-05-26
申请号：CN200810223683.1
申请日：2008-10-07
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/00
Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。
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公开(公告)号：CN102467616B
公开(公告)日：2014-07-30
申请号：CN201010546475.2
申请日：2010-11-15
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规则，对所述蛋白质序列进行在线酶切，得到非冗余肽；步骤3，根据串联质谱、所述非冗余肽进行肽谱匹配鉴定，并利用鉴定到的肽推断对应的蛋白质序列。本发明达到了去掉冗余的肽和快速查询的目的，提高了蛋白质的鉴定速度，同时，这种方法无损精度，所需要的时间和空间都很少，并且使用比较方便。
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公开(公告)号：CN102467616A
公开(公告)日：2012-05-23
申请号：CN201010546475.2
申请日：2010-11-15
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规则，对所述蛋白质序列进行在线酶切，得到非冗余肽；步骤3，根据串联质谱、所述非冗余肽进行肽谱匹配鉴定，并利用鉴定到的肽推断对应的蛋白质序列。本发明达到了去掉冗余的肽和快速查询的目的，提高了蛋白质的鉴定速度，同时，这种方法无损精度，所需要的时间和空间都很少，并且使用比较方便。
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公开(公告)号：CN101714187B
公开(公告)日：2011-09-28
申请号：CN200810223683.1
申请日：2008-10-07
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。
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