公开(公告)号：CN102411680A

公开(公告)日：2012-04-11

申请号：CN201010292032.5

申请日：2010-09-26

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18

摘要： 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN102411666A

公开(公告)日：2012-04-11

申请号：CN201010292060.7

申请日：2010-09-26

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F17/30

摘要： 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，用并行处理方法，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN102411679B

公开(公告)日：2014-04-16

申请号：CN201010292031.0

申请日：2010-09-26

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18

摘要： 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，该方法包括：步骤1，用并行处理方法，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN102411666B

公开(公告)日：2014-04-16

申请号：CN201010292060.7

申请日：2010-09-26

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18 ,  G06F17/30

摘要： 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，用并行处理方法，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN102411680B

公开(公告)日：2014-03-26

申请号：CN201010292032.5

申请日：2010-09-26

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18

摘要： 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。

公开(公告)号：CN102467616B

公开(公告)日：2014-07-30

申请号：CN201010546475.2

申请日：2010-11-15

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 周郴 ,  迟浩 ,  王乐珩 ,  李由 ,  吴研洁 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18 ,  G06F17/30

摘要： 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规则，对所述蛋白质序列进行在线酶切，得到非冗余肽；步骤3，根据串联质谱、所述非冗余肽进行肽谱匹配鉴定，并利用鉴定到的肽推断对应的蛋白质序列。本发明达到了去掉冗余的肽和快速查询的目的，提高了蛋白质的鉴定速度，同时，这种方法无损精度，所需要的时间和空间都很少，并且使用比较方便。

公开(公告)号：CN102467616A

公开(公告)日：2012-05-23

申请号：CN201010546475.2

申请日：2010-11-15

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 周郴 ,  迟浩 ,  王乐珩 ,  李由 ,  吴研洁 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18 ,  G06F17/30

摘要： 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规则，对所述蛋白质序列进行在线酶切，得到非冗余肽；步骤3，根据串联质谱、所述非冗余肽进行肽谱匹配鉴定，并利用鉴定到的肽推断对应的蛋白质序列。本发明达到了去掉冗余的肽和快速查询的目的，提高了蛋白质的鉴定速度，同时，这种方法无损精度，所需要的时间和空间都很少，并且使用比较方便。

公开(公告)号：CN102411679A

公开(公告)日：2012-04-11

申请号：CN201010292031.0

申请日：2010-09-26

申请人： 中国科学院计算技术研究所

发明人： 王乐珩 ,  王文平 ,  迟浩 ,  吴妍洁 ,  周郴 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC分类号： G06F19/18

摘要： 本发明有关于一种蛋白质鉴定的大规模分布式并行加速方法及其系统，该方法包括：步骤1，用并行处理方法，对蛋白质序列进行理论酶切得到肽序列，对肽序列进行排序、去冗余处理，以创建肽索引文件块；步骤2，用并行处理方法，对质谱谱图进行排序，并将排序后的质谱谱图进行平均划分，得到多个谱图数据块；步骤3，将谱图数据块平均分配给多个主进程，各主进程对所分配的谱图数据块进行排序，依次指派给空闲的从进程进行肽谱匹配鉴定；步骤4，用并行处理方法，汇总鉴定结果，利用鉴定得到的肽序列推断对应的蛋白质序列，生成输出文件。本发明在处理器核规模达到几百甚至超过千个以上，进行蛋白质鉴定能取得满意的加速效率。