公开(公告)号：CN102467616B

公开(公告)日：2014-07-30

申请号：CN201010546475.2

申请日：2010-11-15

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 周郴 ,  迟浩 ,  王乐珩 ,  李由 ,  吴研洁 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC: G06F19/18 ,  G06F17/30

Abstract: 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规则，对所述蛋白质序列进行在线酶切，得到非冗余肽；步骤3，根据串联质谱、所述非冗余肽进行肽谱匹配鉴定，并利用鉴定到的肽推断对应的蛋白质序列。本发明达到了去掉冗余的肽和快速查询的目的，提高了蛋白质的鉴定速度，同时，这种方法无损精度，所需要的时间和空间都很少，并且使用比较方便。

公开(公告)号：CN102467616A

公开(公告)日：2012-05-23

申请号：CN201010546475.2

申请日：2010-11-15

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 周郴 ,  迟浩 ,  王乐珩 ,  李由 ,  吴研洁 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏

IPC: G06F19/18 ,  G06F17/30

Abstract: 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规则，对所述蛋白质序列进行在线酶切，得到非冗余肽；步骤3，根据串联质谱、所述非冗余肽进行肽谱匹配鉴定，并利用鉴定到的肽推断对应的蛋白质序列。本发明达到了去掉冗余的肽和快速查询的目的，提高了蛋白质的鉴定速度，同时，这种方法无损精度，所需要的时间和空间都很少，并且使用比较方便。