公开(公告)号：CN118629539A

公开(公告)日：2024-09-10

申请号：CN202310221821.7

申请日：2023-03-09

Applicant: 中国科学院上海药物研究所

Inventor： 郑明月 ,  李叙潼 ,  张子梅 ,  王刚

IPC: G16C20/50 ,  G16C20/70 ,  G16C10/00 ,  G06N3/04 ,  G06N3/084

Abstract: 本申请提供一种三维分子构象的生成方法、装置及存储介质。所述方法包括：将分子图输入预设模型，以得到所述预设模型输出的候选扭转角值；基于规则算法得到初始构象；基于所述候选扭转角值与所述初始构象，得到最终的三维分子构象。本申请实施例的预设模型可以避免局部结构不合理的问题，如避免键长和键角不正确的问题；同时，与预测原子的坐标相比，预设模型可以克服SE(3)不变量的问题。

公开(公告)号：CN118571307A

公开(公告)日：2024-08-30

申请号：CN202310177145.8

申请日：2023-02-28

Applicant: 中国科学院上海药物研究所

Inventor： 郑明月 ,  蒋华良 ,  杨天标 ,  李叙潼 ,  王刚

IPC: G16B15/30 ,  G16B40/00 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/048 ,  G06N3/047 ,  G06N3/0499 ,  G06N3/084

Abstract: 本发明提供了一种药物重定向预测方法及预测系统，预测方法包括：对目标蛋白质的结合口袋的信息进行处理，获得目标蛋白质结合位点的图结构表征；基于图注意力机制和获得的图结构表征对口袋的残基的特征更新，获得口袋的全图表征；基于两个无关目标蛋白质的全图表征的特征交互，利用预设的预测模型得到药物重定向的预测情况。通过预先训练获得预测模型，当需要预测某个蛋白质口袋和某个无关蛋白质口袋能否共享相同活性化合物时，只需要获得这两个蛋白质结合口袋的特征表示，通过利用预测模型，就能预测出蛋白质口袋之间是否能够共享同一个活性化合物，由此能够计算出该具有该蛋白质的药物重定向的概率，使得药物重定向预测更加准确。