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公开(公告)号：CN115470007B
公开(公告)日：2023-06-20
申请号：CN202211341616.6
申请日：2022-10-31
申请人： 中国海洋大学
摘要： 本发明涉及数据处理和药物再利用筛选框架及方法、存储介质和装置，属于药物筛选技术领域，所述框架包含一个系统管理节点、n个任务管理节点和n个任务计算节点；所述系统管理节点负责监控、管理节点资源以及分配任务；所述n个任务管理节点，负责管理具体计算任务，接受系统管理节点，以及向系统管理节点报告任务完成情况和资源利用情况；所述n个任务计算节点，负责具体任务的执行；本发明还提供了利用所述框架进行药物筛选的方法及运行所述方法的计算机可读存储介质和搭载所述介质的装置。本发明所述方法利用现有资源加快海量数据的处理和计算，能够对更大范围的药物疾病进行筛选，提高筛选效率。
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公开(公告)号：CN115565622A
公开(公告)日：2023-01-03
申请号：CN202211095499.X
申请日：2022-09-06
申请人： 中国海洋大学
摘要： 本发明属于计算机药物筛选技术领域，公开了基于深度学习及化学反应规则的海洋化合物分子生成方法，包括数据预处理、模型预训练和强化学习微调三个阶段，数据预处理阶段形成数据集，用于模型预训练，然后使用强化学习方法对预训练模型的生成行为进行微调，最终生成优化后的海洋化合物分子，通过本发明能够最大限度的学习到海洋化合物的化学结构和特性，并且充分考虑了合成分子的多样性和可合成性。
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公开(公告)号：CN113488116A
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN202110780433.3
申请日：2021-07-09
申请人： 中国海洋大学
摘要： 本发明涉及一种基于强化学习和对接的药物分子智能生成方法，属于药物化学与计算机技术领域，所述方法包括以下步骤：1)构建药物设计的虚拟片断组合库；2)计算片段相似性进行分子片段编码；3)基于强化学习的actor‑critic模型生成并优化分子。本发明方法在先导化合物的基础上，缩小了搜索的化学空间。通过强化学习的actor‑critic模型采用transformer建模，引入分子片段的位置信息，保存了片段在分子中的相对或绝对位置信息，实现并列化训练。另外，奖励机制通过建立单层感知机模型，进一步优化了生成分子的活性。
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公开(公告)号：CN115512785A
公开(公告)日：2022-12-23
申请号：CN202211069779.3
申请日：2022-09-01
申请人： 中国海洋大学
摘要： 本发明属于人工智能辅助药物设计技术领域，具体公开了一种基于注意力机制的三维蛋白质‑配体活性预测方法，本发明通过构建分子三维信息提取网络，进行分子表征，通过球形信息传递方法和具有物理意义的特征组合起来，提取蛋白质配体结合位姿的三维信息；通过构建基于注意力机制的三维图神经网络模型来对蛋白质配体相互作用进行预测，包括构象预测与结合亲和力预测，最终输出预测结果。
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公开(公告)号：CN115083538B
公开(公告)日：2022-11-11
申请号：CN202211009270.X
申请日：2022-08-23
申请人： 中国海洋大学
IPC分类号： G16C20/50 , G06F16/215 , G06F3/06
摘要： 本发明涉及一种药物数据的处理系统、运行方法及数据处理方法，属于药物筛选技术领域，所述系统采用“存算”分离的部署方式，由计算集群与存储集群组成，计算集群负责药物数据的超大规模并行处理；计算集群包括资源管理节点、驱动节点和n个计算节点，其中资源管理节点是负责管理和调度计算集群资源；驱动节点运行程序的驱动进程，计算节点提供计算资源，以容器形式运行负责计算的执行进程和缓存层工作进程。本发明实现超大规模的药物数据处理方法，对多源异构的原始分子进行批量的加工，为虚拟筛选的核心计算提供数据集制备以及分子数据信息的标准化处理，大大提高了虚拟筛选的效率。
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公开(公告)号：CN113488116B
公开(公告)日：2023-03-10
申请号：CN202110780433.3
申请日：2021-07-09
申请人： 中国海洋大学
摘要： 本发明涉及一种基于强化学习和对接的药物分子智能生成方法，属于药物化学与计算机技术领域，所述方法包括以下步骤：1)构建药物设计的虚拟片断组合库；2)计算片段相似性进行分子片段编码；3)基于强化学习的actor‑critic模型生成并优化分子。本发明方法在先导化合物的基础上，缩小了搜索的化学空间。通过强化学习的actor‑critic模型采用transformer建模，引入分子片段的位置信息，保存了片段在分子中的相对或绝对位置信息，实现并列化训练。另外，奖励机制通过建立单层感知机模型，进一步优化了生成分子的活性。
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公开(公告)号：CN115470007A
公开(公告)日：2022-12-13
申请号：CN202211341616.6
申请日：2022-10-31
申请人： 中国海洋大学
摘要： 本发明涉及数据处理和药物再利用筛选框架及方法、存储介质和装置，属于药物筛选技术领域，所述框架包含一个系统管理节点、n个任务管理节点和n个任务计算节点；所述系统管理节点负责监控、管理节点资源以及分配任务；所述n个任务管理节点，负责管理具体计算任务，接受系统管理节点，以及向系统管理节点报告任务完成情况和资源利用情况；所述n个任务计算节点，负责具体任务的执行；本发明还提供了利用所述框架进行药物筛选的方法及运行所述方法的计算机可读存储介质和搭载所述介质的装置。本发明所述方法利用现有资源加快海量数据的处理和计算，能够对更大范围的药物疾病进行筛选，提高筛选效率。
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公开(公告)号：CN115083538A
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202211009270.X
申请日：2022-08-23
申请人： 中国海洋大学
IPC分类号： G16C20/50 , G06F16/215 , G06F3/06
摘要： 本发明涉及一种药物数据的处理系统、运行方法及数据处理方法，属于药物筛选技术领域，所述系统采用“存算”分离的部署方式，由计算集群与存储集群组成，计算集群负责药物数据的超大规模并行处理；计算集群包括资源管理节点、驱动节点和n个计算节点，其中资源管理节点是负责管理和调度计算集群资源；驱动节点运行程序的驱动进程，计算节点提供计算资源，以容器形式运行负责计算的执行进程和缓存层工作进程。本发明实现超大规模的药物数据处理方法，对多源异构的原始分子进行批量的加工，为虚拟筛选的核心计算提供数据集制备以及分子数据信息的标准化处理，大大提高了虚拟筛选的效率。
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