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公开(公告)号：CN108009395B
公开(公告)日：2020-09-11
申请号：CN201711189441.0
申请日：2017-11-24
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种用DNA链置换反应实现单分子形式化学反应网络的方法，包括以下步骤：S1：用具有相同标记的DNA链表示一种形式化学反应物质，每种标记包括一个短链和一个长链；S2：用一个DNA链置换反应映射一个不可逆单分子形式化学反应，用两个DNA链置换反应映射一个可逆单分子形式化学反应，多个形式化学反应组成的反应网络为形式化学反应网络；S3：根据形式化学反应的速率常数设定对应DNA反应的速率常数，所述形式化学反应的速率常数等于对应DNA链反应的速率常数乘以辅助链的初始浓度；S4：根据标记链中的短链与其互补链的匹配程度来调整链置换反应的速率；S5：用所有DNA链置换反应构成的DNA网络的动力学特性模拟形式化学反应网络的动力学特性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107423554A
公开(公告)日：2017-12-01
申请号：CN201710431481.5
申请日：2017-06-09
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种用可逆单分子反应实现马尔科夫链的设计方法，利用反应物最终的浓度表征马尔科夫链的稳态概率分布，适用于离散时间的马尔科夫链和连续时间的马尔科夫链。本发明方法解决了现有技术中用DNA反应估算马尔科夫链稳态分布的方法不能实现对连续时间马尔科夫链的计算，同时有效地减少了所需反应物的种类和反应个数。
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公开(公告)号：CN107808071B
公开(公告)日：2020-07-14
申请号：CN201711114276.2
申请日：2017-11-13
Applicant: 东南大学
IPC: G16C20/10
Abstract: 本发明公开了一种用化学反应网络计算二阶马尔科夫链的方法，包括以下步骤：S1：设计化学反应网络，用不同的反应物种类表示目标二阶马尔科夫链中的不同状态，根据目标二阶马尔科夫链各状态的初始概率分布设置相应反应物的初始浓度；S2：用一个双分子反应实现目标二阶马尔科夫链的每种状态转换，其中每个反应物代表的是转移前的两个状态，生成物代表的是转移后的两个状态；S3：用每个反应的速率常数表示对应状态转换的转移概率，根据此转移概率的值设定该速率常数；S4：去除反应网络中的无效反应；S5：计算目标二阶马尔科夫链的稳态分布，所有反应物在反应结束后的稳态浓度即为稳态分布的概率值。本发明实现了对二阶马尔科夫链的计算。
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公开(公告)号：CN107423554B
公开(公告)日：2020-02-18
申请号：CN201710431481.5
申请日：2017-06-09
Applicant: 东南大学
Abstract: 本发明公开了一种用可逆单分子反应实现马尔科夫链的设计方法，利用反应物最终的浓度表征马尔科夫链的稳态概率分布，适用于离散时间的马尔科夫链和连续时间的马尔科夫链。本发明方法解决了现有技术中用DNA反应估算马尔科夫链稳态分布的方法不能实现对连续时间马尔科夫链的计算，同时有效地减少了所需反应物的种类和反应个数。
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公开(公告)号：CN108009395A
公开(公告)日：2018-05-08
申请号：CN201711189441.0
申请日：2017-11-24
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/00
Abstract: 本发明公开了一种用DNA链置换反应实现单分子形式化学反应网络的方法，包括以下步骤：S1：用具有相同标记的DNA链表示一种形式化学反应物质，每种标记包括一个短链和一个长链；S2：用一个DNA链置换反应映射一个不可逆单分子形式化学反应，用两个DNA链置换反应映射一个可逆单分子形式化学反应，多个形式化学反应组成的反应网络为形式化学反应网络；S3：根据形式化学反应的速率常数设定对应DNA反应的速率常数，所述形式化学反应的速率常数等于对应DNA链反应的速率常数乘以辅助链的初始浓度；S4：根据标记链中的短链与其互补链的匹配程度来调整链置换反应的速率；S5：用所有DNA链置换反应构成的DNA网络的动力学特性模拟形式化学反应网络的动力学特性。
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公开(公告)号：CN107808071A
公开(公告)日：2018-03-16
申请号：CN201711114276.2
申请日：2017-11-13
Applicant: 东南大学
IPC: G06F19/00
Abstract: 本发明公开了一种用化学反应网络计算二阶马尔科夫链的方法，包括以下步骤：S1：设计化学反应网络，用不同的反应物种类表示目标二阶马尔科夫链中的不同状态，根据目标二阶马尔科夫链各状态的初始概率分布设置相应反应物的初始浓度；S2：用一个双分子反应实现目标二阶马尔科夫链的每种状态转换，其中每个反应物代表的是转移前的两个状态，生成物代表的是转移后的两个状态；S3：用每个反应的速率常数表示对应状态转换的转移概率，根据此转移概率的值设定该速率常数；S4：去除反应网络中的无效反应；S5：计算目标二阶马尔科夫链的稳态分布，所有反应物在反应结束后的稳态浓度即为稳态分布的概率值。本发明实现了对二阶马尔科夫链的计算。
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