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公开(公告)号：CN112980975B
公开(公告)日：2024-09-24
申请号：CN202110250360.7
申请日：2021-03-08
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明涉及生物医药技术领域，具体涉及一种具核梭杆菌的亚种检测和鉴定方法。具核梭杆菌与多种疾病密切关联，近期研究表明其可促进结直肠肿瘤发生发展。但目前还缺乏一种精确、直观的检测方法用来区别具核梭杆菌的不同亚种。具核梭杆菌不同亚种在生物学特性、定植及致病能力上均存在差异，因此精确的亚种鉴定对于了解其致病机制具有深远意义。本发明提供了一组用于鉴定具核梭杆菌亚种的特异性DNA序列，并设计了相应的检测引物，阐述了其在亚种水平检测和鉴定具核梭杆菌的应用。该发明可促进揭示病灶中具核梭杆菌的亚种构成及来源，将有助于探究不同亚种与疾病间的关系，及相关流行病学特征。
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公开(公告)号：CN111254186B
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202010246901.4
申请日：2020-03-31
Applicant: 上海市第十人民医院
IPC: C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/06
Abstract: 本发明提供了一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法，以rpoB基因作为梭杆菌的检测和分类鉴定靶标，其包括如下步骤：对样本的基因进行扩增；对扩增子进行高通量测序和比对分析序列，所得数据按100％一致性建立OTU；将上述OTU序列与梭杆菌全基因组中的特征序列片段所对应的序列比对，剔除无相似性的非特异OTU序列后，共同建立进化树，按进化关系注释各OTU对应的菌种，实现样本中梭杆菌群体的分类鉴定，以及不同菌种的丰度定量。本发明结合高通量测序技术，对特异性引物扩增后所得的扩增子序列进行测定，通过构建进化树的方法对样本中的梭杆菌菌种甚至亚种进行鉴别，有助于揭示微生态样本中梭杆菌属的菌种水平结构组成。
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公开(公告)号：CN111205994B
公开(公告)日：2021-09-21
申请号：CN201911014130.X
申请日：2019-10-23
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明提供了一株分离自人类直肠癌肿瘤组织的具核梭杆菌动物亚种菌株THCT5A4，分类命名为Fusobacterium nucleatum subsp.animalis THCT5A4，其保藏编号为CCTCC NO：M 2019366，保藏日期为2019年05月17日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心，其16SrRNA基因序列如SEQ ID NO:1所示。本发明提供了该具核梭杆菌动物亚种菌株的分离方法。结直肠癌细胞系与THCT5A4共培养的结果说明THCT5A4可显著促进结直肠癌细胞增殖，因此THCT5A4可为结直肠癌的研究提供多样性的体外或体内模拟肠道环境的实验条件，还可以构建结直肠癌疾病模型来筛选治疗结直肠癌的药物。
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公开(公告)号：CN111004738A
公开(公告)日：2020-04-14
申请号：CN201911013469.8
申请日：2019-10-23
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明提供了一株具核梭杆菌多形亚种分离株THCT15E1，分类命名为Fusobacterium nucleatum subsp.nucleatum THCT15E1，其保藏编号为CCTCC NO：M 2019362，保藏日期为2019年05月17日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心，其16SrRNA基因序列如SEQ ID NO:1所示。结直肠癌细胞系与THCT15E1共培养的结果说明THCT15E1可显著促进结直肠癌细胞增殖，因此THCT15E1可为结直肠癌的研究提供多样性的体外或体内模拟肠道环境的实验条件，还可以构建结直肠癌疾病模型来筛选治疗结直肠癌的药物。
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公开(公告)号：CN109797221A
公开(公告)日：2019-05-24
申请号：CN201910190625.1
申请日：2019-03-13
Applicant: 上海市第十人民医院
IPC: C12Q1/6886 , G16B25/10
Abstract: 本发明涉及一种用于对肌层浸润性膀胱癌进行分子分型和/或预后预测的生物标记物组合及其筛选方法和应用，所述生物标记物组合包括以下基因：FGF10、TP53INP1、DDR2、MYC、CDC73、IGF1、PLA2G1B、SKI、FN1、EGFR、PPARG、PDGFRA、PDGFD、GAS6、PDGFC、FNTB和CCNB1。基于该生物标记物组合的转录数据的非负矩阵分解方法聚类分析，可将肌层浸润性膀胱癌分成类，分别对应不同的表达特征谱。该分类分别对应显著不同的总体生存状况，因此可用于生存预后评估。本发明所采用的转录数据分析方法选用生物标记物集合个数少，分析步骤简单，同时满足大样本分析需求，对计算能力要求低，适用于标准化后的转录数据，该转录数据可为转录组学数据亚集、亦可为单独检测的基因转录数据的集合。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117535174A
公开(公告)日：2024-02-09
申请号：CN202311270388.2
申请日：2023-09-27
Applicant: 上海市第十人民医院
IPC: C12N1/20 , A61K35/744 , A61P25/00 , A23L33/135 , C12R1/01
Abstract: 本发明公开了一株粪肠球菌(Enterococcus faecalis)，其名称为F1GAM5，保藏编号为CCTCC NO：M20231057，其从临床FMT供体菌液中首次分离获得。上述粪肠球菌F1GAM5，属于丰度占优的肠球菌属，其能通过促进ADS小鼠模型的探索行为和自发活动行为从而改善ASD小鼠焦虑抑郁样表现，可用于改善自闭症谱系障碍的研究和应用，在开发ASD益生菌新疗法中有重要潜在价值。
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公开(公告)号：CN111004738B
公开(公告)日：2021-09-21
申请号：CN201911013469.8
申请日：2019-10-23
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明提供了一株具核梭杆菌多形亚种分离株THCT15E1，分类命名为Fusobacterium nucleatum subsp.nucleatum THCT15E1，其保藏编号为CCTCC NO：M 2019362，保藏日期为2019年05月17日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心，其16SrRNA基因序列如SEQ ID NO:1所示。结直肠癌细胞系与THCT15E1共培养的结果说明THCT15E1可显著促进结直肠癌细胞增殖，因此THCT15E1可为结直肠癌的研究提供多样性的体外或体内模拟肠道环境的实验条件，还可以构建结直肠癌疾病模型来筛选治疗结直肠癌的药物。
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公开(公告)号：CN111205994A
公开(公告)日：2020-05-29
申请号：CN201911014130.X
申请日：2019-10-23
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明提供了一株分离自人类直肠癌肿瘤组织的具核梭杆菌动物亚种菌株THCT5A4，分类命名为Fusobacterium nucleatum subsp.animalis THCT5A4，其保藏编号为CCTCC NO：M 2019366，保藏日期为2019年05月17日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心，其16SrRNA基因序列如SEQ ID NO:1所示。本发明提供了该具核梭杆菌动物亚种菌株的分离方法。结直肠癌细胞系与THCT5A4共培养的结果说明THCT5A4可显著促进结直肠癌细胞增殖，因此THCT5A4可为结直肠癌的研究提供多样性的体外或体内模拟肠道环境的实验条件，还可以构建结直肠癌疾病模型来筛选治疗结直肠癌的药物。
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公开(公告)号：CN110903999A
公开(公告)日：2020-03-24
申请号：CN201911013475.3
申请日：2019-10-23
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明提供一株肠道分离的具核梭杆菌动物亚种菌株THCT6b3，该菌株的16SrRNA基因序列具体如SEQ ID NO:1所示。该菌株分类命名为Fusobacterium nucleatum subsp.vincentii，其保藏编号为CCTCC NO：M 2019363，保藏日期为2019年05月17日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心。本发明还提供了该菌株在肠道具核梭杆菌检测中的应用，首次建立基于PCR的具核梭杆菌动物亚种分子鉴定方法。本发明可促进揭示结直肠癌患者中肠道具核梭杆菌的构成及来源，并将有助于分析具核梭杆菌的分子流行病学特征。
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公开(公告)号：CN110903998A
公开(公告)日：2020-03-24
申请号：CN201911013474.9
申请日：2019-10-23
Applicant: 上海市第十人民医院
Abstract: 本发明提供了一株肠道分离的具核梭杆菌文氏亚种菌株THCT14A3，分类命名为Fusobacterium nucleatum subsp.vincentii，保藏编号为CCTCC NO：M 2019363，保藏日期为2019年05月17日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心。该菌株的16SrRNA基因序列具体如SEQ ID NO:1所示。本发明还提供了一段可用于鉴定具核梭杆菌文氏亚种的特异性DNA序列及其对应的引物序列。结直肠癌细胞系与THCT14A3共培养的结果显示THCT14A3可显著促进结直肠癌细胞增殖。因此，本发明提供的THCT14A3将有助于结直肠癌肠道的微生态研究。
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