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公开(公告)号：CN1680573A
公开(公告)日：2005-10-12
申请号：CN200510023780.2
申请日：2005-02-03
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12P19/34
Abstract: 一种核酸聚合酶链式反应扩增的低成本优化方法，通过向PCR体系中添加以下任一种优化介质材料：单质钛材料、单质镍材料、单质铋材料、单质锑材料、单质硒材料、单质铬材料来实现对PCR扩增的优化，具体如下：(1)优化介质材料的准备；(2)材料的灭菌；(3)PCR体系优化；(4)PCR产物检测；(5)优化材料从反应结束体系中的分离。本发明具有优化扩增的效果显著，操作更加简便，成本低廉，易于保存，应用广泛，优化材料易于从体系中分离等优点。PCR扩增优化方法对多种PCR体系都具有优化作用，适用于各种PCR扩增，也适用于聚合酶延伸以及基于PCR方法基础的其他生化方法，对基因检测与克隆、遗传分析、临床诊断、基因芯片以及新材料等领域有着潜在而巨大的应用价值。
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公开(公告)号：CN1303211C
公开(公告)日：2007-03-07
申请号：CN200510023458.X
申请日：2005-01-20
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/00
Abstract: 本发明公开一组用于DNA芯片计算的寡核苷酸序列。该组序列中每条序列的长度为12碱基，满足以下约束条件，生成22条母序列：每条序列G+C含量均为50%；任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；应用于光导原位合成法制作芯片，或者应用于点样法制作芯片。这些序列杂交稳定性好，无错配，杂交信号强，可用于计算多种NP问题，具有通用性。
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公开(公告)号：CN1297667C
公开(公告)日：2007-01-31
申请号：CN200410099186.7
申请日：2004-12-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12P19/34
Abstract: 一种核酸聚合酶链式反应扩增的优化方法，通过向PCR体系中添加单质金材料来实现对PCR扩增的优化，具体如下：(1)单质金材料制备，①金箔、金片、金丝或金粉的制备，②镀金薄膜的制备，③胶体金制备；(2)单质金材料灭菌；(3)PCR体系优化；(4)PCR产物检测；(5)优化材料从反应结束体系中的分离，需要回收扩增得到的PCR产物，则可从反应结束体系中分离出优化材料。本发明具有优化扩增的效果显著，制备简便，成本低廉，易于保存，应用广泛，优化材料易于从体系中分离的优点。对基因检测与克隆、遗传分析、临床诊断、基因芯片以及新材料等领域有着潜在而巨大的应用价值。
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公开(公告)号：CN1289687C
公开(公告)日：2006-12-13
申请号：CN200510023780.2
申请日：2005-02-03
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12P19/34
Abstract: 一种核酸聚合酶链式反应扩增的低成本优化方法，通过向PCR体系中添加以下任一种优化介质材料：单质钛材料、单质镍材料、单质铋材料、单质锑材料、单质硒材料、单质铬材料来实现对PCR扩增的优化，具体如下：(1)优化介质材料的准备；(2)材料的灭菌；(3)PCR体系优化；(4)PCR产物检测；(5)优化材料从反应结束体系中的分离。本发明具有优化扩增的效果显著，操作更加简便，成本低廉，易于保存，应用广泛，优化材料易于从体系中分离等优点。PCR扩增优化方法对多种PCR体系都具有优化作用，适用于各种PCR扩增，也适用于聚合酶延伸以及基于PCR方法基础的其他生化方法，对基因检测与克隆、遗传分析、临床诊断、基因芯片以及新材料等领域有着潜在而巨大的应用价值。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN1661029A
公开(公告)日：2005-08-31
申请号：CN200410099186.7
申请日：2004-12-29
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12P19/34
Abstract: 一种核酸聚合酶链式反应扩增的优化方法，通过向PCR体系中添加单质金材料来实现对PCR扩增的优化，具体如下：(1)单质金材料制备，①金箔、金片、金丝或金粉的制备，②镀金薄膜的制备，③胶体金制备；(2)单质金材料灭菌；(3)PCR体系优化；(4)PCR产物检测；(5)优化材料从反应结束体系中的分离，需要回收扩增得到的PCR产物，则可从反应结束体系中分离出优化材料。本发明具有优化扩增的效果显著，制备简便，成本低廉，易于保存，应用广泛，优化材料易于从体系中分离的优点。对基因检测与克隆、遗传分析、临床诊断、基因芯片以及新材料等领域有着潜在而巨大的应用价值。
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公开(公告)号：CN100413978C
公开(公告)日：2008-08-27
申请号：CN200410093095.2
申请日：2004-12-16
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 一种基于DNA自动机过程的双链DNA序列测定的方法。本发明中双链DNA序列作为输入分子，由限制性内切酶对DNA进行切割，露出粘性末端，与状态转移分子通过碱基配对相结合并发生连接。由于状态转移分子仍然含有限制性内切酶的识别位点，连接后的DNA分子继续新一轮的切割和连接循环并使作为输入分子的DNA序列逐渐变短，作为输入分子的DNA序列逐渐变短，输入分子的长度变化反映了DNA序列的信息，该长度变化是可阅读的，通过设计状态转移分子的结构可以实现输入分子的长度递减的速度为每次1个碱基。本发明有效地避免单链DNA分子高级结构引起的测序困难，克服现有技术中单链模板二级结构影响测序的不足，并在此基础上降低成本，具有很大的应用前景。
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公开(公告)号：CN1661102A
公开(公告)日：2005-08-31
申请号：CN200410093095.2
申请日：2004-12-16
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 一种基于DNA自动机过程的双链DNA序列测定的方法。本发明中双链DNA序列作为输入分子，由限制性内切酶对DNA进行切割，露出粘性末端，与状态转移分子通过碱基配对相结合并发生连接。由于状态转移分子仍然含有限制性内切酶的识别位点，连接后的DNA分子继续新一轮的切割和连接循环并使作为输入分子的DNA序列逐渐变短，作为输入分子的DNA序列逐渐变短，输入分子的长度变化反映了DNA序列的信息，该长度变化是可阅读的，通过设计状态转移分子的结构可以实现输入分子的长度递减的速度为每次1个碱基。本发明有效地避免单链DNA分子高级结构引起的测序困难，克服现有技术中单链模板二级结构影响测序的不足，并在此基础上降低成本，具有很大的应用前景。
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公开(公告)号：CN1661101A
公开(公告)日：2005-08-31
申请号：CN200410093094.8
申请日：2004-12-16
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种与计算机杂合的DNA表面计算用寡核苷酸芯片的制备方法，本发明采用寡核苷酸芯片作为计算基质，在其上利用杂交反应来完成计算过程，然后用计算机计算法规则来读出数据，得到NP问题的解，DNA表面计算芯片上寡核苷酸序列的编码和排布遵循以下方式：将该NP问题完全数据池中的数据转化为可用0和1按序表达的方式；将NP完全问题的完全数据池转化为阵列，每个分单元代表一个数据；将阵列中的数据映射为寡核苷酸序列并排布在芯片上，每个序列成为芯片上的一个点。本发明充分利用了DNA芯片计算的高度并行性和电子计算机处理数据的快速灵活性，操作过程更为简便，不依靠酶反应过程，计算结果的假阳性率大大降低，可用于计算多种NP问题，具有通用性。
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公开(公告)号：CN1657615A
公开(公告)日：2005-08-24
申请号：CN200510023458.X
申请日：2005-01-20
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/00
Abstract: 本发明公开一组用于DNA芯片计算的寡核苷酸序列。该组序列中每条序列的长度为12碱基，满足以下约束条件，生成22条母序列：每条序列G+C含量均为50％；任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；应用于光导原位合成法制作芯片，或者应用于点样法制作芯片。这些序列杂交稳定性好，无错配，杂交信号强，可用于计算多种NP问题，具有通用性。
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