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公开(公告)号：CN114708911B
公开(公告)日：2024-10-29
申请号：CN202210252334.2
申请日：2022-03-15
申请人： 北京基石生命科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种三代测序数据的比对方法。该方法包括如下步骤：用三代比对软件将三代测序数据比对到参考基因组，获得比对结果；将三代测序数据转换为二代比对软件可以使用的短序列格式，同时对短序列信息进行编码，得到相对位置信息；用二代比对软件将短序列比对到参考基因组，获得比对结果；根据比对位置信息和相对位置信息，将序列还原为三代测序数据的比对结果；将比对位置信息进行交叉验证分析，获得的交叉验证结果通过加权投票的方法整合，得到最终的比对结果。实验证明，采用本发明提供的方法比对三代测序数据，比对准确率显著提高。本发明具有重要的应用价值。
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公开(公告)号：CN117467616B
公开(公告)日：2024-03-26
申请号：CN202311805693.7
申请日：2023-12-26
申请人： 北京基石生命科技有限公司
IPC分类号： C12N5/09
摘要： 本发明公开了用于制备口腔癌微肿瘤模型的专用培养基以及相关的方法产品和应用。首先，本发明提供了用于制备口腔癌PTC的培养基。进一步，本发明提供了一种制备口腔癌PTC的方法，包括如下步骤：利用样本解离液对口腔癌实体瘤样本进行解离处理，获取细胞并用PTC培养基进行悬浮培养，得到口腔癌PTC。利用本发明方法得到的口腔癌微肿瘤模型可以准确反应患者原病灶的各种特征，是肿瘤精准诊疗领域良好的科研实验模型和临床前实验模型。可以预见，这种培养方法在口腔癌的研究和临床诊断治疗领域具有广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN117467616A
公开(公告)日：2024-01-30
申请号：CN202311805693.7
申请日：2023-12-26
申请人： 北京基石生命科技有限公司
IPC分类号： C12N5/09
摘要： 本发明公开了用于制备口腔癌微肿瘤模型的专用培养基以及相关的方法产品和应用。首先，本发明提供了用于制备口腔癌PTC的培养基。进一步，本发明提供了一种制备口腔癌PTC的方法，包括如下步骤：利用样本解离液对口腔癌实体瘤样本进行解离处理，获取细胞并用PTC培养基进行悬浮培养，得到口腔癌PTC。利用本发明方法得到的口腔癌微肿瘤模型可以准确反应患者原病灶的各种特征，是肿瘤精准诊疗领域良好的科研实验模型和临床前实验模型。可以预见，这种培养方法在口腔癌的研究和临床诊断治疗领域具有广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN112760282B
公开(公告)日：2023-03-24
申请号：CN201911065585.4
申请日：2019-11-04
申请人： 北京基石生命科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种骨与软组织肿瘤实体瘤原代细胞的培养方法。本发明提供了骨与软组织肿瘤实体瘤原代细胞培养方法及配套试剂，该技术核心是：用温和细胞解离试剂处理骨与软组织肿瘤实体瘤组织，最大程度保证了组织中肿瘤细胞活力；配制特殊无血清培养基，利用悬浮培养体系对骨与软组织肿瘤来源的实体瘤细胞进行体外培养，保证肿瘤细胞正常扩增的同时最大限度的排除正常细胞的干扰。利用本发明方法得到的骨与软组织肿瘤实体瘤原代细胞培养物可用于多种细胞水平体外实验、二代测序、构建动物模型、构建细胞系等等。可预见，这种培养方法在骨与软组织肿瘤实体瘤的研究和临床诊断治疗领域具有广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN114708911A
公开(公告)日：2022-07-05
申请号：CN202210252334.2
申请日：2022-03-15
申请人： 北京基石生命科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种三代测序数据的比对方法。该方法包括如下步骤：用三代比对软件将三代测序数据比对到参考基因组，获得比对结果；将三代测序数据转换为二代比对软件可以使用的短序列格式，同时对短序列信息进行编码，得到相对位置信息；用二代比对软件将短序列比对到参考基因组，获得比对结果；根据比对位置信息和相对位置信息，将序列还原为三代测序数据的比对结果；将比对位置信息进行交叉验证分析，获得的交叉验证结果通过加权投票的方法整合，得到最终的比对结果。实验证明，采用本发明提供的方法比对三代测序数据，比对准确率显著提高。本发明具有重要的应用价值。
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公开(公告)号：CN114627967A
公开(公告)日：2022-06-14
申请号：CN202210252816.8
申请日：2022-03-15
申请人： 北京基石生命科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种精确注释三代全长转录本的方法。该方法包括如下步骤：获得校正的转录本结构信息；解析人参考基因组注释文件，提取具体基因‑转录本的信息，作为参考信息；对校正的转录本结构信息进行解析、获得初步分类信息，对非正常型的转录本进行转化处理，获得正常型数据；对正常型数据进行注释处理，得到具体基因‑转录本注释，以及最终的转录本分类信息；整理注释信息及分类信息，获得三代全长转录本的精确注释。实验证明，采用本发明提供的方法对三代全长转录本进行注释，注释的准确率显著提高。本发明具有重要的应用价值。
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公开(公告)号：CN112760281B
公开(公告)日：2022-05-20
申请号：CN201911065555.3
申请日：2019-11-04
申请人： 北京基石生命科技有限公司
IPC分类号： C12N5/09
摘要： 本发明公开了一种用于培养脑肿瘤实体瘤原代细胞的培养基。本发明提供的用于培养脑肿瘤实体瘤原代细胞培养基是配制特殊无血清培养基，利用该培养基对脑肿瘤来源的实体瘤细胞进行体外悬浮培养，可以保证肿瘤细胞正常扩增的同时最大限度的排除正常细胞的干扰。利用本发明方法得到的脑肿瘤实体瘤原代细胞培养物可用于多种细胞水平体外实验、二代测序、构建动物模型、构建细胞系等等。可预见，这种培养方法在脑肿瘤的研究和临床诊断治疗领域具有广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN113736738A
公开(公告)日：2021-12-03
申请号：CN202111136701.4
申请日：2021-09-27
申请人： 北京基石生命科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种胃癌微肿瘤细胞模型的培养方法。本发明提供了一种新的胃癌微肿瘤模型培养技术及配套试剂，该技术的核心是：(1)用温和细胞解离试剂处理胃癌实体瘤组织，最大程度的保证了组织中各种类型细胞的活力；(2)配制特殊的无血清培养基，利用悬浮培养体系使胃癌组织中分离得到的各类型细胞自组装形成具有多种细胞成分的细胞团结构，称之为“胃癌微肿瘤模型”。利用本发明方法得到的胃癌微肿瘤模型可以准确反应患者原病灶的各种特征，是肿瘤精准诊疗领域良好的科研实验模型和临床前实验模型。可以预见，这种培养方法在胃癌的研究和临床诊断治疗领域具有广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN113450300A
公开(公告)日：2021-09-28
申请号：CN202010212332.1
申请日：2020-03-24
申请人： 北京基石生命科技有限公司
摘要： 本发明涉及一种基于机器学习的原代肿瘤细胞图片识别方法及系统，包括以下步骤：1)对人工标记的原始图像进行处理，得到机器能够识别处理的训练集；2)基于步骤1)得到的训练集，采用基于深度学习中的深度残差网络为原型构建深度神经网络进行训练，得到适配于识别目标的模型参数；3)根据步骤2)得到的深度神经网络模型参数，对目标识别图像进行识别，得到图像识别结果；4)对图像识别结果进行统计分析，得到目标识别图像中目标细胞面积的大小、生长变化情况。本发明可以广泛应用于原代肿瘤细胞识别领域。
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公开(公告)号：CN112760285A
公开(公告)日：2021-05-07
申请号：CN201911065991.0
申请日：2019-11-04
申请人： 北京基石生命科技有限公司
IPC分类号： C12N5/09
摘要： 本发明公开了一种泌尿肿瘤实体瘤原代细胞的培养方法。本发明提供了泌尿肿瘤实体瘤原代细胞培养方法及配套试剂，该技术核心是：用温和细胞解离试剂处理泌尿肿瘤实体瘤组织，最大程度保证了组织中肿瘤细胞活力；配制特殊无血清培养基，利用悬浮培养体系对泌尿肿瘤来源的实体瘤细胞进行体外培养，保证肿瘤细胞正常扩增的同时最大限度的排除正常细胞的干扰。利用本发明方法得到的泌尿肿瘤实体瘤原代细胞培养物可用于多种细胞水平体外实验、二代测序、构建动物模型、构建细胞系等等。可预见，这种培养方法在泌尿肿瘤的研究和临床诊断治疗领域具有广泛的应用前景。
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