本发明公开了一种三代测序数据的比对方法。该方法包括如下步骤：用三代比对软件将三代测序数据比对到参考基因组，获得比对结果；将三代测序数据转换为二代比对软件可以使用的短序列格式，同时对短序列信息进行编码，得到相对位置信息；用二代比对软件将短序列比对到参考基因组，获得比对结果；根据比对位置信息和相对位置信息，将序列还原为三代测序数据的比对结果；将比对位置信息进行交叉验证分析，获得的交叉验证结果通过加权投票的方法整合，得到最终的比对结果。实验证明，采用本发明提供的方法比对三代测序数据，比对准确率显著提高。本发明具有重要的应用价值。