公开(公告)号：CN112505011A

公开(公告)日：2021-03-16

申请号：CN202011458068.6

申请日：2020-12-10

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 樊春海 ,  王丽华 ,  沈建磊 ,  李江 ,  陈斌 ,  黄秋灵

IPC: G01N21/64

Abstract: 本发明提供一种基于花菁类染料荧光分析的DNA瞬态构象变化的检测方法，包括以下步骤：1)提供一种花菁类染料，通过柱分离提纯，并通过单晶衍射、核磁共振和质谱中的至少后面两种来对其进行结构表征，然后将花菁类染料溶于二甲亚砜，制成花菁类染料的二甲亚砜溶液；2)将花菁类染料的二甲亚砜溶液与双链DNA、G四联体、i‑motif或质粒DNA混合孵育，通过测量荧光光谱，并对单体和激基缔合物的荧光发射强度进行分析，即可实现对所述DNA瞬态构象变化的检测；其中，花菁类染料具有如式(I)所示的结构通式。根据本发明，提供了一种基于花菁类染料荧光分析的、操作简单的、样品用量少的、灵敏度高的DNA瞬态构象变化的检测方法。

公开(公告)号：CN111518959A

公开(公告)日：2020-08-11

申请号：CN202010504396.9

申请日：2020-06-05

Applicant: 上海市计量测试技术研究院 ,  上海交通大学 ,  中国科学院上海高等研究院

Inventor： 梁文 ,  杨雪 ,  杨镇州 ,  许丽 ,  刘刚 ,  闻艳丽 ,  李兰英 ,  丁敏 ,  樊春海 ,  左小磊 ,  孙洁林 ,  王丽华

IPC: C12Q1/70 ,  C12Q1/6851 ,  C12N15/11 ,  C12R1/93

Abstract: 本发明提供了新型冠状病毒的数字PCR检测方法及试剂盒，具体地本发明针对新型冠状病毒ORF1ab基因和E基因设计了双重数字PCR检测体系，实验结果表明本发明的双重数字PCR检测体系具有极高的灵敏度和准确性。

公开(公告)号：CN101182515A

公开(公告)日：2008-05-21

申请号：CN200710170429.5

申请日：2007-11-15

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 曹雪雁 ,  杨文超 ,  张晓东 ,  樊春海 ,  胡钧

IPC: C12N15/09

Abstract: 一种基于纳米二氧化钛材料的聚合酶链式反应的方法，通过向PCR体系中添加有效量的纳米二氧化钛材料来实现对PCR扩增的优化。针对不同粒径纳米二氧化钛材料，和不同聚合酶链式反应，通过对该特定粒径或粒径范围的纳米二氧化钛材料进行梯度稀释或浓缩，以浓度梯度方式加入到该PCR体系中，以实际扩增达到优化目的的范围为所需该纳米二氧化钛材料的有效用量范围。本发明具有优化扩增的效果显著，制备简便，成本低廉，易于保存，应用广泛，优化材料易于从体系中分离的优点。扩增产物的特异性得到显著提高，在某些反应中产物的产量也得到明显的提高。

公开(公告)号：CN119993239A

公开(公告)日：2025-05-13

申请号：CN202510172668.2

申请日：2025-02-17

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 董明凯 ,  周嘉豪 ,  曾靖垚 ,  陈海波 ,  樊春海

IPC: G11C13/02

Abstract: 本发明提供了一种基于DNA存储介质的新型块存储系统及方法，包括：为用户提供读取和写入的操作接口；通过异地更新的技术，为用户提供了高效的读取和写入操作接口；将块设备翻译表的绝大部分放在DNA中，并利用了固态硬盘加速翻译，以提供更优的性能；还涉及到一种高效回收块设备中垃圾数据的垃圾回收机制，通过将垃圾回收的元数据与数据共同储存，并将无效化垃圾数据延迟到读取时进行的方法，高效、低成本的释放了块设备中的垃圾数据，减轻了数据的碎片化。

公开(公告)号：CN119604935A

公开(公告)日：2025-03-11

申请号：CN202380056815.9

申请日：2023-07-31

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 樊春海 ,  王飞 ,  郝亚亚 ,  李子慕

IPC: G11C11/54

Abstract: 本申请提供了一种数据存储介质及其应用，也提供了一种核酸分子，所述核酸分子能够结合于具有可寻址信息的载体上，以及所述核酸分子包含的数据信息能够在载体原位进行随机读取与擦写。

公开(公告)号：CN119541616A

公开(公告)日：2025-02-28

申请号：CN202411682008.0

申请日：2024-11-21

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 戴哲泽 ,  谢晓冬 ,  李茜 ,  樊春海

IPC: G16B15/00 ,  G16C60/00 ,  G06T3/4053 ,  G06T7/13 ,  G06T7/60

Abstract: 本申请涉及生物技术领域，公开了一种对核酸纳米结构进行性质分析的方法及装置，包括获取核酸纳米结构的单分子定位成像数据，进行预处理得到核酸纳米结构的空间信息和时间信息；根据空间信息确定核酸纳米结构的轮廓曲线，轮廓曲线被分成多条链段，通过链段两端的端点的空间坐标计算得到链段长度L，通过距离为L的两个端点的单位向量计算得到角度相关性cosθ(L)；通过链段长度L和当链段长度为L时的角度相关性的平均值 的关系计算得到核酸纳米结构的持续长度P，确定对结构刚性的定量分析；确定对位点可及性的定量分析，以及进行结构刚性与位点可及性的相关性分析。本发明提供了对核酸纳米结构的结构刚性和/或位点可及性的精确的定量评估。

公开(公告)号：CN119490550A

公开(公告)日：2025-02-21

申请号：CN202311042022.X

申请日：2023-08-18

Applicant: 上海交通大学 ,  祥符实验室

Inventor： 胡雪菲 ,  葛志磊 ,  闫庆龙 ,  赵紫微 ,  樊春海

IPC: C07H21/00 ,  A61K47/54 ,  B82Y5/00 ,  C07H21/04

Abstract: 本发明提供了双股核酸四面体纳米结构及其制备方法。具体地，本发明提供了一种双股核酸四面体纳米结构，由核酸单体组装形成，四面体结构中每条边为双股的核酸双链结构。本发明中的双股核酸四面体纳米结构保真度高、刚性高，且具有耐天然核酸酶的特性，表现出血清稳定性的极大改善，可用于制备核酸药物递送载体。

公开(公告)号：CN119476421A

公开(公告)日：2025-02-18

申请号：CN202411537036.3

申请日：2024-10-30

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 樊春海 ,  王飞 ,  张倩 ,  吕慧

IPC: G06N3/123

Abstract: 本申请涉及DNA计算领域，公开了一种固态核酸寄存器及数据寄存的方法，固态核酸寄存器包括固相载体，以及固定于固相载体表面上的一个或多个平面折纸结构；其中，平面折纸结构的主表面和固相载体的主表面固相连接形成固定关系，平面折纸结构的另一个主表面被配置为对数据进行写入、存储、读出和重写；且平面折纸结构通过碱基互补配对自组装形成。数据寄存的方法包括：制备如上的固态核酸寄存器，构建固态核酸反应槽；向固态核酸反应槽中添加DNA计算电路组件以及设置数据读取装置；在固态核酸反应槽中进行DNA计算电路的数据写入、存储、读出、重写并采用数据读取装置进行观测。本申请提供了紧凑的顺序数字电路，并提高了信息处理的效率。

公开(公告)号：CN119269460A

公开(公告)日：2025-01-07

申请号：CN202411178431.7

申请日：2024-08-26

Applicant: 上海交通大学 ,  华东理工大学

Inventor： 梁承品 ,  徐丽凤 ,  张志云 ,  樊春海 ,  田禾 ,  沈建磊

IPC: G01N21/64

Abstract: 本发明涉及生物纳米技术领域，提供了一种膜张力响应型的分子传感器的制备及应用方法，包括核酸框架结构和振动诱导发光分子，振动诱导发光分子被链接于核酸框架结构；核酸框架结构是亲水性的，振动诱导发光分子为疏水性的。本发明具备高细胞膜靶向性和机械敏感等优点，为细胞膜张力检测提供了新工具。

公开(公告)号：CN118010692A

公开(公告)日：2024-05-10

申请号：CN202410120530.3

申请日：2024-01-29

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 高兆帅 ,  曹晓捷 ,  孙洁林 ,  樊春海

IPC: G01N21/64 ,  G01N21/01 ,  G02B21/00 ,  G02B21/06 ,  G02B21/36

Abstract: 本发明提供一种基于晶格光照明的单分子定位显微成像装置，包括：激发光光路模块，包括依次布置的：光源系统；晶格光产生系统，其设置为产生4束激发光束，并将激发光束转换为傅里叶空间频率级次光，激发光束用于在干涉时产生矩形阵列形式的晶格光的照明光斑；和晶格光斑传递系统，将傅里叶空间频率级次光传递至物镜的后焦面，以在物镜的前焦面形成的晶格光的光斑，利用晶格光的照明光斑实现对样品的照明激发；荧光探测光路模块，提取出样品激发后的荧光信号，得到单分子定位图像。本发明的单分子定位显微成像装置能够实现高分辨率和高定位通量的单分子定位检测。