公开(公告)号：CN116769956A

公开(公告)日：2023-09-19

申请号：CN202310732375.6

申请日：2023-06-20

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张飞 ,  张雪峰 ,  苏江硕 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11 ,  G16B20/20 ,  G16B20/50 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种高效预测切花菊株高性状SNP位点，还公开了高效预测切花菊株高性状SNP位点方法及其应用。本发明使用数量多、分布广泛、能够稳定遗传且易于高通量基因分型的SNP标记进行切花菊株高相关性状全基因组关联分析，结果表明，与株高性状相关的最佳标记对株高、节间数、节间长度和茎粗的预测准确度分别为0.97、0.98、0.97和0.96，可以应用于切花菊株高、节间长度、节间数和茎粗的早期预测，缩短育种周期，为菊花株高相关性状功能标记的开发和遗传改良提供了位点信息，对于选育不同株型菊花优良材料具有重要理论和实践意义。

公开(公告)号：CN116732222A

公开(公告)日：2023-09-12

申请号：CN202310603907.6

申请日：2023-05-26

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张飞 ,  周迎雪 ,  苏江硕 ,  张雪峰 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6895 ,  G16B20/00

Abstract: 本发明公开了一种基于全基因组高效预测菊花耐盐性的方法。本发明通过全基因组关联分析鉴定菊花耐盐性显著相关的13个SNP标记，在此基础上，比较了不同统计模型和不同密度SNP标记对全基因组预测效果的影响，并基于GWAS分析中与菊花耐盐性显著关联的SNP位点，构建了菊花耐盐性全基因组选择预测模型，选择效率可提高2.96～13.09倍。本发明不仅能够实现菊花育种工作中耐盐性品种的早期选择，缩短育种周期，还有效克服了耐盐性田间鉴定工作量大、周期长、易受环境因素和人为主观因素的影响等技术难题，为耐盐性分子标记辅助选择和基因组选择育种提供重要理论依据，在菊花耐盐性育种领域具有广阔的应用前景。

公开(公告)号：CN107815502B

公开(公告)日：2021-06-08

申请号：CN201711176758.0

申请日：2017-11-23

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 陈发棣 ,  苏江硕 ,  张飞 ,  种昕冉 ,  宋爱萍 ,  房伟民 ,  陈素梅 ,  蒋甲福

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及一种鉴定菊花耐涝性的dCAPS标记开发方法及应用，属于生物技术领域，该方法包括以下几个步骤：a、通过GWAS方法挖掘与菊花耐涝性显著关联的SNP位点；b、SNP突变位点特异性酶切位点分析及dCAPS引物设计；c、结合基因型与表型数据预期酶切扩增多态性；d、dCAPS标记在自然耐涝极端群体的验证；e、在F1后代耐涝极端群体中对WT‑dCAPS1标记进行进一步验证。本发明开发了一个与菊花耐涝性状共分离的dCAPS共显性标记，命名为WT‑dCAPS1，在两个群体的平均鉴定准确率为78.9％，初步认为可以应用于菊花耐涝性分子标记辅助育种，大大缩短育种周期，对于培育耐涝性菊花新品种具有重要的理论和实践意义。

公开(公告)号：CN111394800A

公开(公告)日：2020-07-10

申请号：CN202010175583.7

申请日：2020-03-13

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  余琪 ,  苏江硕 ,  胡月姮 ,  张璐瑶 ,  刘晔 ,  周李杰 ,  陈发棣

IPC: C40B50/06 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。

公开(公告)号：CN105112403B

公开(公告)日：2019-06-21

申请号：CN201510587614.9

申请日：2015-09-15

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 陈发棣 ,  李丕睿 ,  苏江硕 ,  张飞 ,  王海滨 ,  蒋甲福 ,  房伟民

IPC: C12N15/10 ,  C12N15/82 ,  C12Q1/6895 ,  A01H5/00 ,  A01H6/14

Abstract: 本发明公开了菊花耐盐性关联分子标记及其获得方法和应用。该获得方法包括a.连续两年的耐盐性鉴定；b.菊花品种群体结构分析；c.菊花品种亲缘关系分析；d.与菊花耐盐性紧密关联的分子标记的确定。本方法同时运用SRAP、SCoT和EST‑SSR三种分子标记技术对159个切花菊品种进行全基因组分子标记扫描，得到的染色条带数量丰富、多态性好、重复性高，有利于获得与耐盐性紧密关联的分子标记。本发明检测到3个标记位点与品种的耐盐性显著关联，为菊花耐盐性分子标记辅助选择提供一定参考。

公开(公告)号：CN108411026A

公开(公告)日：2018-08-17

申请号：CN201810483506.0

申请日：2018-05-18

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 张飞 ,  仰小东 ,  苏江硕 ,  王海滨 ,  房伟民 ,  陈素梅 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于生物技术领域，公开一种菊花托桂花型分子标记辅助选择方法，所述的分子标记为SRAP分子标记或/和SCAR标记，本发明以托桂型切花小菊品种‘南农雪峰’为母本和非托桂型品种‘QX096’为父本杂交获得的80株F1分离群体为试材。用SRAP分子标记来筛选与控制托桂花型基因相连锁的特异位点。其中SRAP分子标记引物组合M11E1在托桂型菊花材料中扩增得到一条272bp的特异片段，通过设计特异SCAR分子标记引物在托桂材料中扩增出单一的168bp的条带，进一步在‘南农雪峰’בQX096’和‘南农雪峰’ב蒙白’两个群体中验证，准确率分别高达92.5％和84.3％。说明上述标记已成功转化成SCAR分子标记。该发明提高了托桂花型的选择效率，加快托桂花型菊花新品种的选育进程。