公开(公告)号：CN111394800A

公开(公告)日：2020-07-10

申请号：CN202010175583.7

申请日：2020-03-13

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  余琪 ,  苏江硕 ,  胡月姮 ,  张璐瑶 ,  刘晔 ,  周李杰 ,  陈发棣

IPC: C40B50/06 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。

公开(公告)号：CN112301117A

公开(公告)日：2021-02-02

申请号：CN202011140853.7

申请日：2020-10-22

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  余琪 ,  胡月姮 ,  张璐瑶 ,  陈素梅 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12N15/10 ,  G16B5/00 ,  G16B25/20

Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序构建目标蛋白互作网络的方法，该方法将BD‑诱饵与猎物文库共转化Y2H酵母菌株，在YPDplus培养基中30℃培养4h后，弃上清，加入1mL无菌水基悬浮，取100μL悬浮菌液再加入10ml SD/‑Leu/‑Trp/‑His/‑Ade液体培养基中震荡培养24h、72h和80h后分别取样，以这些菌液为模版进行PCR扩增，进行琼脂糖凝胶电泳检测菌液筛选程度，将产物回收之后进行高通量测序、de novo组装后进行基因丰度与差异分析，取差异基因即为该文库中与目的基因互作的蛋白编码基因，从而初步构建目标蛋白的互作网络。该方法同时适用于无参考基因物种目标蛋白互作网络的构建。该方法简化了酵母双杂交筛库的步骤，不受单次筛选克隆数限制，找到单个文库中目标蛋白的所有互作蛋白。

公开(公告)号：CN111394800B

公开(公告)日：2022-04-08

申请号：CN202010175583.7

申请日：2020-03-13

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  余琪 ,  苏江硕 ,  胡月姮 ,  张璐瑶 ,  刘晔 ,  周李杰 ,  陈发棣

IPC: C40B50/06 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。

公开(公告)号：CN113930445A

公开(公告)日：2022-01-14

申请号：CN202111120827.2

申请日：2021-09-24

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  张佳丽 ,  余琪 ,  孙道金 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈素梅 ,  陈发棣

IPC: C12N15/84 ,  A01H5/02 ,  A01H6/14

Abstract: 本发明提供了一种在头状花序中实现基因瞬时转染的方法，涉及基因工程技术领域，本发明提供的在头状花序中实现基因瞬时表达的方法，采用真空渗透作用瞬时转化带蕾插穗生根、开花的植物头状花序，瞬时转化5‑7天即可实现可检测量的目的基因的转染，此方法具有操作简单、转化周期短、转化效率高等优点，并且可以实现高效率的头状花序中外源基因瞬时表达，克服了头状花序难以转化成功的难题，为植物开花基因功能研究奠定了方法学基础，为分子育种和品种改良提供方法，具有较高的实用性和科研应用价值。

公开(公告)号：CN112301117B

公开(公告)日：2022-06-03

申请号：CN202011140853.7

申请日：2020-10-22

Applicant: 南京农业大学

Inventor： 宋爱萍 ,  余琪 ,  胡月姮 ,  张璐瑶 ,  陈素梅 ,  管志勇 ,  房伟民 ,  陈发棣

IPC: C12Q1/6869 ,  C12N15/10 ,  G16B5/00 ,  G16B25/20

Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序构建目标蛋白互作网络的方法，该方法将BD‑诱饵与猎物文库共转化Y2H酵母菌株，在YPDplus培养基中30℃培养4h后，弃上清，加入1mL无菌水基悬浮，取100μL悬浮菌液再加入10ml SD/‑Leu/‑Trp/‑His/‑Ade液体培养基中震荡培养24h、72h和80h后分别取样，以这些菌液为模版进行PCR扩增，进行琼脂糖凝胶电泳检测菌液筛选程度，将产物回收之后进行高通量测序、de novo组装后进行基因丰度与差异分析，取差异基因即为该文库中与目的基因互作的蛋白编码基因，从而初步构建目标蛋白的互作网络。该方法同时适用于无参考基因物种目标蛋白互作网络的构建。该方法简化了酵母双杂交筛库的步骤，不受单次筛选克隆数限制，找到单个文库中目标蛋白的所有互作蛋白。