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公开(公告)号：CN105132407A
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201510488017.0
申请日：2015-08-10
Applicant: 北京吉因加科技有限公司
Abstract: 本发明提供了一种脱落细胞DNA的低频突变富集测序方法，包括脱落细胞DNA的提取与DNA的打断，样品DNA文库构建、通用文库TT-COLD PCR扩增富集、探针富集捕获、捕获产物PCR及上机测序、正反双链纠错低频信息分析步骤，具体为基于接头通用引物进行TT COLD PCR对所有类型变异实现第一级突变富集扩增；设计富集探针芯片，针对热点变异将人基因组参考序列hg19设计的探针替换为基于突变碱基设计的探针，其他位点探针不变，进行第二级富集捕获；文库构建中的插入DNA两端12bp自身序列作为标签进行正反双链纠错比对，提高数据利用率，实现低频精确检测，可以对0.01％低频变异具有高特异性检测。
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公开(公告)号：CN111501106A
公开(公告)日：2020-08-07
申请号：CN202010336574.1
申请日：2020-04-24
Applicant: 北京吉因加科技有限公司 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC: C40B50/06 , C40B40/06 , C40B60/08 , C12Q1/6869 , C12Q1/6883
Abstract: 本发明公开了一种外泌体RNA的高通量测序文库的构建方法，包括：提取外泌体的总RNA；将总RNA进行片段化处理，得到片段化的RNA；将片段化的RNA逆转录为双链cDNA；在双链cDNA的5’端和3’端连接测序接头，得到接头连接产物；PCR扩增接头连接产物，得到富集的接头连接产物；从富集的接头连接产物中分离单链DNA，将单链DNA进行环化处理，获得环状DNA，环状DNA构成外泌体RNA的高通量测序文库。上述构建方法能够实现对低起始量的外泌体RNA的测序文库的构建，测序结果广泛覆盖mRNA、miRNA、lncRNA等各类RNA，在疾病早期诊断、预后评估、疗效监测及治疗方法研究等方面具有重要价值。
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公开(公告)号：CN111429965A
公开(公告)日：2020-07-17
申请号：CN202010198109.6
申请日：2020-03-19
Applicant: 西安交通大学 , 北京吉因加科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于多连体特征的T细胞受体对应表位预测方法，将CDR3β链以及对应的表位解析为长度3的碱基，统计每种三联体的频次作为初始特征；根据得到的初始特征建立初始特征矩阵，使用主成分分析法对初始特征矩阵进行降维，进行特征提取；设有n个训练样本，输入预测数据x后，训练得到梯度提升决策树模型，通过梯度提升决策树模型将各个决策树的决策结果线性组合起来做出预测；将特征数据输入训练好的模型中进行预测，根据不同的预测目的选择不同的预测指标。本发明仅使用三联体的统计值作为初始特征，结合梯度提升决策树模型能够在极短的时间内完成模型的训练，且预测的准确度更高。
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公开(公告)号：CN106778073B
公开(公告)日：2019-09-06
申请号：CN201710043187.7
申请日：2017-01-19
Applicant: 北京吉因加科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种评估肿瘤负荷变化的方法和系统。本发明的方法可以准确、灵活地评估肿瘤负荷，并同时提供肿瘤细胞的分子生物学特征。本发明的方法采用的检测样品为多个时间节点的游离DNA样本，通过游离DNA变异的检测，以变异的频率计算分子肿瘤负荷指数，并比较多个时间节点中分子肿瘤负荷指数的变化趋势，用以反映肿瘤负荷的变化趋势。
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公开(公告)号：CN108588201A
公开(公告)日：2018-09-28
申请号：CN201810449985.4
申请日：2018-05-11
Applicant: 浙江省人民医院 , 浙江大学医学院附属第一医院 , 北京吉因加科技有限公司
IPC: C12Q1/6869 , C12M1/34 , C12M1/00 , C12Q1/6886
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q1/6886 , C12Q2600/156 , C12Q2565/537
Abstract: 本发明公开了一种结直肠癌西妥昔单抗耐药性痕量DNA突变检测的方法及装置，所述方法包括：从样本中提取游离DNA；将所述游离DNA构建文库；将所述文库进行富集；将所述富集的文库使用捕获探针进行捕获，获得捕获DNA；将所述捕获DNA测序，获得测序结果；将所述测序结果与参考序列比较，检出突变位点。本发明的方法实现了低起始量DNA富集捕获测序突变检测。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111662983B
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202010642606.0
申请日：2020-07-06
Applicant: 北京吉因加科技有限公司 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , G16B20/20 , G16B20/50 , G16B15/30
Abstract: 本发明公开了一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用，具体公开了一种用于检测或辅助检测淋巴瘤相关基因变异的试剂盒，包括用于检测BCL2、BCL6、MYC和/或基因IGH融合的物质；所述物质为成套DNA探针；所述成套DNA探针包括SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：376所示的376条探针。所述试剂盒可以用于：1)检测或辅助检测与淋巴瘤相关基因变异；2)对弥漫大B细胞淋巴瘤患者进行细胞起源(Cell of origin,COO)分型；3)对淋巴瘤患者进行辅助诊断、预后判断和/或靶向药物预测。
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公开(公告)号：CN111429965B
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202010198109.6
申请日：2020-03-19
Applicant: 西安交通大学 , 北京吉因加科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种基于多连体特征的T细胞受体对应表位预测方法，将CDR3β链以及对应的表位解析为长度3的碱基，统计每种三联体的频次作为初始特征；根据得到的初始特征建立初始特征矩阵，使用主成分分析法对初始特征矩阵进行降维，进行特征提取；设有n个训练样本，输入预测数据x后，训练得到梯度提升决策树模型，通过梯度提升决策树模型将各个决策树的决策结果线性组合起来做出预测；将特征数据输入训练好的模型中进行预测，根据不同的预测目的选择不同的预测指标。本发明仅使用三联体的统计值作为初始特征，结合梯度提升决策树模型能够在极短的时间内完成模型的训练，且预测的准确度更高。
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公开(公告)号：CN112029858A
公开(公告)日：2020-12-04
申请号：CN202010844019.X
申请日：2020-08-20
Applicant: 北京吉因加科技有限公司 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12Q1/6869 , C12M1/34 , C12M1/00 , G16B20/30 , G16B30/00
Abstract: 本发明公开了一种PD-1/PD-L1抑制剂免疫治疗疗效预测的方法和系统。所述方法包括：获取受试者的肿瘤浸润淋巴细胞的T细胞受体的种类和丰度，以及基线外周血的CD8+PD1+ T细胞的T细胞受体的种类；统计受试者的肿瘤浸润淋巴细胞与CD8+PD1+ T细胞共有T细胞受体的种类，计算所述肿瘤浸润淋巴细胞中具有共有T细胞受体的肿瘤浸润淋巴细胞的平均比例，作为IR指数；通过所述IR指数判断PD-1/PD-L1抑制剂免疫治疗疗效。本发明的方法可以提供肿瘤免疫治疗疗效及预后的预测指标，能有效筛选免疫治疗应答患者群。
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公开(公告)号：CN111968701A
公开(公告)日：2020-11-20
申请号：CN202010880479.8
申请日：2020-08-27
Applicant: 北京吉因加科技有限公司 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
Abstract: 本发明涉及基因领域，特别是涉及一种检测指定基因组区域体细胞拷贝数变异的方法和装置。本发明综合log2(copy Ratio)值、B等位基因频率(BAF)差异显著性、目标捕获区域内均一化的读长覆盖度的差异显著性和非目标捕获区域内均一化的读长覆盖度的差异显著性多个指标，并应用多变量分析综合多个指标分析结果，实现对指定的基因或区间进行高效、准确的拷贝数变异检测。
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公开(公告)号：CN111276252A
公开(公告)日：2020-06-12
申请号：CN202010043127.7
申请日：2020-01-15
Applicant: 北京吉因加科技有限公司
IPC: G16H50/50
Abstract: 本发明提供的一种肿瘤良恶性鉴别模型的构建方法及装置，包括：取已知良性肿瘤样本和恶性肿瘤样本若干作为训练集，获得训练集中样本的TCR克隆种类和CDR3区段；统计并计算所述CDR3区段出现的频次，然后将所述CDR3区段通过Kmer打断进行重编码；将CDR3重编码后获得的Kmer频率数据进行数据降维处理；将训练集中的已知肿瘤样本的良恶性信息与数据降维后的Kmer数据关联，利用机器学习算法进行模型的训练，得到肿瘤良恶性鉴别模型；上述构建方法构建得到肿瘤良恶性鉴别模型，用于对未知肿瘤样本进行良恶性鉴定，且能够对不同种类的肿瘤样本的良恶性进行鉴定，满足广谱性和特异性的需求。
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