一株经过密码子替换的基因Ⅶ型新城疫病毒的拯救方法

    公开(公告)号:CN111926025B

    公开(公告)日:2023-05-05

    申请号:CN202010346610.2

    申请日:2020-04-27

    Abstract: 本发明涉及反向遗传操作技术领域,公开了一株经过密码子替换的基因Ⅶ型新城疫病毒的拯救方法。分别将新城疫病毒的NP、P和L基因以及表达T7 RNA聚合酶的DE3基因克隆进pXJ40载体,获得质粒pXJ40‑NP、pXJ40‑P、pXJ40‑L和pXJ40‑DE3;将新城疫病毒的全基因组cDNA克隆进pBR322质粒中得到pBR322‑DHN3;将NP基因编码区部分密码子统一替换成使用频率最高的密码子,替换到pBR322‑DHN3质粒上,形成新质粒pBR322‑mNPDHN3;采用上述5种质粒共转染BHK‑21细胞,得到拯救病毒rDHN3‑mNP。本发明方法更利于病毒的拯救和病毒致病机制的研究。

    一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法

    公开(公告)号:CN115050417A

    公开(公告)日:2022-09-13

    申请号:CN202210736148.6

    申请日:2022-06-27

    Abstract: 本发明公开一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法,包括如下步骤:(1)为待研究的染色质区间构建携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型集合;(2)模拟携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型在微小球形空间中的随机折叠过程,计算得到染色质3D结构的集合;(3)基于层级优化法得到高精度的待研究的染色质区间的3D结构集合;(4)基于步骤(3)得到的染色质3D结构集合,构建平均接触矩阵以显示TAD结构。本发明采用层级优化法对携带染色质可及性信息的高分子链模型的随机折叠过程进行分子动力学模拟,在10kb精度下预测了哺乳动物全基因组3D结构中40%以上的TAD结构。

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