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公开(公告)号：CN106529204B
公开(公告)日：2019-05-07
申请号：CN201610905670.7
申请日：2016-10-18
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G16B15/00
Abstract: 本发明提供一种基于半监督学习的交联质谱多谱排序方法，包括：1)分别对每个谱图进行单谱匹配和排序，得到对应的最优的交联二肽单谱匹配结果；提取当前每一个肽谱匹配结果的多谱匹配特征向量，其中包括SVM分数、母离子误差比例特征和修饰比例特征等动态特征；2)在所得到的交联二肽匹配结果中，取FDR在预设的FDR阈值以内的属于正样本的结果构建正样本库，取所有负样本的结果构建反样本库；基于新的训练样本更新各个多谱匹配特征向量；3)训练SVM分类器；4)用本轮训练后的SVM分类器对所有交联二肽结果进行重打分；5)根据预设的迭代条件判断是否继续进行迭代，结束迭代时基于当前SVM分数输出多谱排序结果。本发明的多谱排序方法灵敏度高且性能稳定。
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公开(公告)号：CN103776891B
公开(公告)日：2017-03-29
申请号：CN201310397694.2
申请日：2013-09-04
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明涉及一种检测差异表达蛋白质的方法，面向定量蛋白质组学中的基于一级谱图信息的标记和非标记的相对定量数据分析，包括肽谱匹配、可信度评价、肽段信号提取、肽段比值计算、蛋白质比值计算、统计学分析，根据某蛋白质在两种或多种样品中对应的质谱信号强度比值判断其是否是差异表达蛋白质。对于近百GB的规模的质谱实验采集的数据，快速地自动化分析，对不同蛋白质在质谱仪中的信号尽可能精准地提取蛋白质信号；从统计学意义上确定蛋白质差异表达，并对结果的准确性进行评价。
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公开(公告)号：CN101714187A
公开(公告)日：2010-05-26
申请号：CN200810223683.1
申请日：2008-10-07
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/00
Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。
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公开(公告)号：CN107563148B
公开(公告)日：2020-06-05
申请号：CN201710701999.6
申请日：2017-08-16
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明涉及一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统，包括统计碎裂位点，挖掘碎裂模式。在待测蛋白质样品的完整数据集鉴定结果中统计强度最高多根谱峰匹配到的氨基酸位点，用于离子索引表的创建。对C端碎裂的位点和N端碎裂的位点处产生的碎片离子建立倒排索引表。对于每张谱图，去除母离子峰后，提取强度最高的多根谱峰作为查询谱峰，检索离子索引表获取候选蛋白质。粗打分过滤候选蛋白质，其中粗打分采用了改进的BM25算法，并考虑了N/C端可变修饰和互补离子。本发明通过上述技术点，能兼顾高效蛋白质鉴定效率和解析率，尤其对于碎裂不是很充分的质谱数据，效果更为明显。
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公开(公告)号：CN106770605A
公开(公告)日：2017-05-31
申请号：CN201611019740.5
申请日：2016-11-14
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
CPC classification number: G01N27/62
Abstract: 本发明提供了从头测序方法，其包括将待解析的谱图转化为质谱连接图，统计所述质谱连接图中各条路径的得分，提取路径得分高的前若干条普通路径和修饰路径作为候选肽段，其中，所述普通路径为仅由普通边组的路径，所述修改路径为由普通边和修饰边组成的路径且其中仅包含一条修饰边；以及对于每个候选肽段进行肽谱匹配打分，取肽谱匹配打分最高的候选肽段作为所述谱图对应的肽段。该方法可以支持上千种意外修饰的发现，而且不会对肽段鉴定的速度有较大影响。另外，还可以更细粒度地区分相似肽段序列，改善了肽段鉴定的准确率。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN106529204A
公开(公告)日：2017-03-22
申请号：CN201610905670.7
申请日：2016-10-18
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/16
CPC classification number: G06F19/16
Abstract: 本发明提供一种基于半监督学习的交联质谱多谱排序方法，包括：1)分别对每个谱图进行单谱匹配和排序，得到对应的最优的交联二肽单谱匹配结果；提取当前每一个肽谱匹配结果的多谱匹配特征向量，其中包括SVM分数、母离子误差比例特征和修饰比例特征等动态特征；2)在所得到的交联二肽匹配结果中，取FDR在预设的FDR阈值以内的属于正样本的结果构建正样本库，取所有负样本的结果构建反样本库；基于新的训练样本更新各个多谱匹配特征向量；3)训练SVM分类器；4)用本轮训练后的SVM分类器对所有交联二肽结果进行重打分；5)根据预设的迭代条件判断是否继续进行迭代，结束迭代时基于当前SVM分数输出多谱排序结果。本发明的多谱排序方法灵敏度高且性能稳定。
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公开(公告)号：CN104215729B
公开(公告)日：2016-09-28
申请号：CN201410406562.6
申请日：2014-08-18
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图‑候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对正确与否进行相应的赋值；其中，特征向量的元素包括：同位素峰簇相似度、碎裂窗口内的谱峰强度比、色谱相似度和虚拟色谱相似度；3)将所有二级谱图‑候选母离子组合的特征向量作为输入，将二级谱图和候选母离子配对正确与否的赋值作为输出，训练MARS模型，得到串联质谱母离子检测模型。本发明还提供了相应的母离子检测方法。本发明能够提高母离子召回率并提高母离子的检测速度。
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公开(公告)号：CN102790797A
公开(公告)日：2012-11-21
申请号：CN201210160339.9
申请日：2012-05-22
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 天津中科蓝鲸信息技术有限公司
Abstract: 本发明公开一种机群文件系统客户端存储资源延迟分配方法和系统，该方法包括：步骤1，客户端根据文件布局操作情况，进行存储资源延迟分配；步骤2，在文件删除时对存储资源回收，处理客户端延迟分配的存储资源回收；步骤3，对存储资源在客户端与元数据服务器之间的一致性进行维护。
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公开(公告)号：CN107729719B
公开(公告)日：2020-05-26
申请号：CN201710913734.2
申请日：2017-09-30
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提一种从头测序方法，该方法包括：在通过酶切产生的两个数据集中查找镜像肽段对应的镜像谱图；从所述镜像谱图中检测高可信谱峰和普通谱峰；根据所述高可信谱峰和普通谱峰构建有向无环图，其中，所述高可信谱峰对应的结点是高可信结点，普通谱峰对应的结点是普通结点；基于所构建的有向无环图生成候选肽段。本发明的方法利用镜像谱图相互佐证，能够提高肽段从头测序的准确率。
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公开(公告)号：CN107622184B
公开(公告)日：2020-01-21
申请号：CN201710904787.8
申请日：2017-09-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G16B40/00
Abstract: 本发明提供了一种氨基酸可信度评估模型训练方法。该方法包括：根据包含待训练氨基酸的训练肽段产生所述待训练氨基酸的背景肽段集合；从所述训练肽段和所述待训练氨基酸提取多个特征；以所提取的多个特征作为输入向量，以所述待训练氨基酸是否正确作为输出，训练分类模型，得到氨基酸可信度评估模型。本发明获得氨基酸可信度评估模型可用于氨基酸可信度评估和修饰位点定位的评估，提高了氨基酸可信度评估的准确率并且改善了修饰位点定位的评估性能。
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