公开(公告)号：CN113106160B

公开(公告)日：2022-11-01

申请号：CN202110391145.9

申请日：2021-04-12

Applicant: 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)

Inventor： 何志颖 ,  刘中民 ,  王喜城 ,  张文成

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/113

Abstract: 本发明提供了一种评估肝谱系细胞成熟度的标志物、双组学试剂盒及构建方法。本发明首次以新视角阐述了细胞发育中具有时序特征并且存在调控关系的microRNA集和基因集，建立了一种与调节肝细胞分化成熟相关的“转录因子‑microRNA‑靶基因”调控网络，并获得了肝谱系特异性的基因标签和microRNA标签，这些标签或它们的组合可作为肝谱系细胞潜在的新标志物。本发明也提供了肝谱系细胞的双组学试剂盒，为大规模扩增稳定的肝谱系细胞、监测肝谱系细胞的体外培养状态提供了新方案。

公开(公告)号：CN117265098A

公开(公告)日：2023-12-22

申请号：CN202311244899.7

申请日：2023-09-25

Applicant: 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)

Inventor： 何志颖 ,  刘中民 ,  王喜城 ,  母晓兰 ,  韩家奇

IPC: C12Q1/6883 ,  G01N33/68 ,  G16H50/30 ,  G16B30/00 ,  G16B20/00

Abstract: 本发明提供了预测心梗致心衰的早期标志物、预后模型及其应用。揭示了一类全新的预测心梗患者发生心衰风险的标志物APBB3、CREB5、RBPMS2、ATN1、EPN1和/或NID1。本发明首次以新视角阐述了外周血和心脏心衰组织之间的共同联系，建立了一种与心梗致心衰外周血及组织密切相关的标志物模型，所述标志物模型可用于在心梗早期更精确判断患者发生心衰的可能性。本发明也提供了基于测序数据对外周血与器官组织进行联合分析并构建预后模型的新方法和思路。

公开(公告)号：CN118588162A

公开(公告)日：2024-09-03

申请号：CN202410706961.8

申请日：2024-06-03

Applicant: 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)

Inventor： 何志颖 ,  母晓兰 ,  蔡永超 ,  潘丽丽 ,  王喜城

IPC: G16B25/10 ,  G16B20/30 ,  G16B40/00 ,  G16B45/00

Abstract: 本发明公开了基于微血管侵犯特征基因的早期肝癌预后标志物、机器学习模型及其应用，涉及肝癌早期诊断或预后的生物标记物技术领域，其技术要点为：本发明提供了一种基于微血管侵犯(MVI)特征基因预测早期肝癌预后的模型和五个潜在的早期肝癌预后标志物；通过对早期肝癌患者的不同级别MVI样本进行空间转录组和单细胞核转录组测序，从而获得MVI区域的基因表达谱，这可直接得到MVI相关特征基因，并在此基础上结合TCGA数据构建基于MVI的早期肝癌预后预测模型，该机器学习模型可以用于预测早期、甚至是所有时期肝癌患者的预后；更重要的是，基于这个机器学习预测模型，发现了五个潜在的早期肝癌预后标志物，为临床的应用提供了更多的可能性和普适性。

公开(公告)号：CN118072832A

公开(公告)日：2024-05-24

申请号：CN202410213878.7

申请日：2024-02-27

Applicant: 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)

Inventor： 何志颖 ,  刘中民 ,  贾文文 ,  王喜城 ,  杨超 ,  马晓雪

IPC: G16B40/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本发明公开了一种筛选表型相关亚群并基于配体构建机器学习预测模型的方法，涉及了机器学习模型技术领域，其技术要点为：本发明的方法揭示了3D MSCs的心脏保护潜力，利用这一种方法我们也发现3D MSCs发挥心脏的保护作用时的劳动分工模式。两个不同的亚群负责不同的功能(CD142+MSCs负责分泌心脏保护因子；CD142‑MSCs负责增殖，维持细胞数目)，使MSCs在心脏组织中存活，改善心脏纤维化，增强心脏功能，促进血管生成。并且，在本方案中，CD142作为MSCs的亚群标志物，富集CD142阳性亚群，可用于增强MSCs对心梗致心衰的治疗效果；此外，本发明构建了一个基于配体的机器学习预测模型来预测MSCs的治疗功能，并开发了一个web服务器来方便使用该模型。

公开(公告)号：CN116434842A

公开(公告)日：2023-07-14

申请号：CN202310414041.4

申请日：2023-04-18

Applicant: 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)

Inventor： 何志颖 ,  刘中民 ,  王喜城 ,  张文成 ,  吴国秀 ,  崔洋洋

IPC: G16B40/00 ,  G16B30/00 ,  G16B40/30

Abstract: 本发明提供了一种生物样本信息的处理方法，包括以下步骤：获取待测生物样本及多个已知的参考生物样本的转录组信息；基于转录组信息，对待测生物样本及多个参考生物样本进行基于全基因的全局分析、基于差异基因的局部分析、基于基因差异表达分析的特征分析及非负最小二乘回归分析；以及根据全局分析结果、局部分析结果、特征分析结果及非负最小二乘回归分析结果，确定待测生物样本的总体特性。本发明基于高通量测序数据，研究和建立了一套可用于系统性评价细胞、组织等生物样本间相似性的方法，并基于该方法建立一种判断细胞谱系阶段、所处状态的研究策略，对特定细胞类型、亚群在不同谱系细胞中的具体定位提供参考价值。

公开(公告)号：CN113106160A

公开(公告)日：2021-07-13

申请号：CN202110391145.9

申请日：2021-04-12

Applicant: 上海市东方医院(同济大学附属东方医院)

Inventor： 何志颖 ,  刘中民 ,  王喜城 ,  张文成

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/113

Abstract: 本发明提供了一种评估肝谱系细胞成熟度的标志物、双组学试剂盒及构建方法。本发明首次以新视角阐述了细胞发育中具有时序特征并且存在调控关系的microRNA集和基因集，建立了一种与调节肝细胞分化成熟相关的“转录因子‑microRNA‑靶基因”调控网络，并获得了肝谱系特异性的基因标签和microRNA标签，这些标签或它们的组合可作为肝谱系细胞潜在的新标志物。本发明也提供了肝谱系细胞的双组学试剂盒，为大规模扩增稳定的肝谱系细胞、监测肝谱系细胞的体外培养状态提供了新方案。