公开(公告)号：CN114371206A

公开(公告)日：2022-04-19

申请号：CN202210036356.5

申请日：2022-01-13

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 阮鉴鉴 ,  刘美君 ,  于晗 ,  丹尼尔·恰可夫 ,  邵志峰 ,  程酩 ,  沈轶

IPC: G01N27/327 ,  G01N27/26

Abstract: 一种稳定均一纳米孔的制备方法，将纳米孔单体与粒径均匀的脂质囊泡生理缓冲液悬浊液混合孵育，在脂质囊泡上形成均匀稳定的纳米孔前体；依次加入解锁剂使脂质囊泡上的纳米孔前体形成纳米孔，加入交联剂使形成的纳米孔结构更稳固，加入表面活性剂破坏脂质囊泡，使纳米孔进入水溶液，形成纳米孔与脂质的混合液；经分离纯化得到分子量一致、孔径均一、结构稳固的纳米孔。本发明得到的成孔蛋白能够在特制的脂质囊泡上形成预成孔复合物，再结合使用交联剂和表面活性剂使得纳米孔的结构更加稳固、成孔成功率更高。

公开(公告)号：CN118726540A

公开(公告)日：2024-10-01

申请号：CN202410826734.9

申请日：2024-06-25

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 刘一心 ,  唐颖 ,  李鑫辉 ,  丹尼尔·恰科夫 ,  郭妍 ,  程酩 ,  邵志峰

IPC: C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  G01N1/30

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体公开了一种高通量染色质结构定向捕获并分析的方法。这是一种在组织切片上获取具有原位空间信息和表型定义的高通量染色体构象捕获(Hi‑C)方法。通过对组织切片预先进行固定、破膜、多步酶反应等关键步骤，然后应用激光显微切割技术获取免疫染色或其它标记的特定细胞，实现了具有原位空间定位的微量细胞高效Hi‑C文库构建，据此测序并分析可以得到其染色体的高分辨空间结构。本发明使Hi‑C技术可以广泛应用于组织原位的空间基因组学研究，在基础研究和临床研究都有广泛的应用价值。本发明制备的文库质量稳定，基因组覆盖率高，并且可用于少量细胞的染色体构象研究。

公开(公告)号：CN115651973A

公开(公告)日：2023-01-31

申请号：CN202211093343.8

申请日：2022-09-08

Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 ,  上海交通大学

Inventor： 康亚妮 ,  程酩 ,  王佳宁 ,  邵志峰 ,  李华 ,  秦玉兰

IPC: C12Q1/6869 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。

公开(公告)号：CN115308414A

公开(公告)日：2022-11-08

申请号：CN202210147304.5

申请日：2022-02-17

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 邵志峰 ,  张小丹 ,  郭妍 ,  丹尼尔·恰可夫 ,  程酩

IPC: G01N33/58 ,  G01N21/64 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明提供了基于免疫荧光的高精度空间转录组分析方法和系统。具体地，本发明采用特定的RNA酶抑制剂并优化了激光显微切割等相关技术，从而可以对组织切片中免疫荧光标记鉴定的特定细胞进行高分辨的空间转录组分析。本发明对液氮速冻样品和RNAlater保存的样品均适用，在长时间的免疫荧光标记后进行激光显微切割分选，能同时获取高质量的成像结果和RNA产物，实现低至几十个特定抗体标记细胞的捕获和全基因组的转录本分析。

公开(公告)号：CN115651973B

公开(公告)日：2023-09-29

申请号：CN202211093343.8

申请日：2022-09-08

Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 ,  上海交通大学

Inventor： 康亚妮 ,  程酩 ,  王佳宁 ,  邵志峰 ,  李华 ,  秦玉兰

IPC: C12Q1/6869 ,  G16B40/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。

公开(公告)号：CN116106540A

公开(公告)日：2023-05-12

申请号：CN202310145143.0

申请日：2023-02-21

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 邵志峰 ,  文柏清 ,  张倪 ,  闫方 ,  李小卫 ,  孙洁林 ,  康亚妮 ,  程酩

IPC: G01N33/535 ,  G01N33/569 ,  G01N23/223 ,  G01N21/78 ,  G01N33/58

Abstract: 本发明提供了一种用于生物大组织高分辨率成像的标记方法，具体的，本发明提供了一种对组织样本进行均匀可控性免疫标记的方法。本发明的方法可同时解决特异性标记、大尺度样本均匀标记和反差强度可控三个问题，实现对生物大组织高分辨率成像的特定结构标记。

公开(公告)号：CN115985392A

公开(公告)日：2023-04-18

申请号：CN202310051198.5

申请日：2023-02-02

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 陈杰 ,  孙嘉伟 ,  邵志峰 ,  沈玉梅 ,  孙洁林 ,  李小卫 ,  程酩 ,  沈轶

IPC: G16B20/30 ,  G16B40/10

Abstract: 一种高密度样品基因测序方法，通过分别采集按二维点阵排列的高密度测序样品的A、C、T、G四通道荧光采集图像各一次并确定每个荧光信号的衍射斑中心位置，从而计算得到样品点阵的整体空间位置分布并确定每一个样品点在成像时单独存在信号情况下的荧光信号计算图像，再根据该荧光信号图像对耦合图像进行解耦，得到每个样品点的信号强度，通过对每一样品点在每一次成像时不同波长通道的信号强度分析，确定每一样品点中核酸的碱基排布顺序。本发明在现有测序仪器的基础上，最小可以将样品分布间距减小到成像系统分辨率的0.45倍，且保持读取错误率为万分之一。缩小样品间距到成像系统分辨率的0.36倍，保持错误率为千分之一。

公开(公告)号：CN114371206B

公开(公告)日：2022-11-11

申请号：CN202210036356.5

申请日：2022-01-13

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 阮鉴鉴 ,  刘美君 ,  于晗 ,  丹尼尔·恰可夫 ,  邵志峰 ,  程酩 ,  沈轶

IPC: G01N27/327 ,  G01N27/26

Abstract: 一种稳定均一纳米孔的制备方法，将纳米孔单体与粒径均匀的脂质囊泡生理缓冲液悬浊液混合孵育，在脂质囊泡上形成均匀稳定的纳米孔前体；依次加入解锁剂使脂质囊泡上的纳米孔前体形成纳米孔，加入交联剂使形成的纳米孔结构更稳固，加入表面活性剂破坏脂质囊泡，使纳米孔进入水溶液，形成纳米孔与脂质的混合液；经分离纯化得到分子量一致、孔径均一、结构稳固的纳米孔。本发明得到的成孔蛋白能够在特制的脂质囊泡上形成预成孔复合物，再结合使用交联剂和表面活性剂使得纳米孔的结构更加稳固、成孔成功率更高。