本发明提供了一种用于除去和减小在硅晶片接合之后留在Si－Si界面处的超薄界面氧化物的厚度的方法。具体，本发明提供了一种用于除去亲水Si－Si晶片接合之后留下的超薄界面氧化物以形成具有与通过疏水接合获得的相当特性的接合Si－Si界面的方法。通过高温退火，例如，在1300℃－1330℃下退火1－5小时，分解掉近约2到约3nm的界面氧化物层。当在接合界面处的Si表面具有不同的表面取向时，例如，当具有(100)取向的Si表面接合到具有(110)取向的Si表面时，使用本发明的方法最佳。在本发明的更通常的方面，可以使用类似的退火工艺除去设置于两个含硅半导体材料的接合界面处的多余材料。两个含硅半导体材料在表面晶体取向、微结构(单晶、多晶或无定形)和组成上可以相同或不同。