本发明公开了一种大型设备跨结构安装精度控制及总装方法，包括：考察航天器构型和设备布局设计，确定精度指标；结构装配阶段，控制各结构上、下安装面、设备安装面的位置误差和形位误差；支架装配阶段，控制支架在结构上的安装精度、支架上设备安装接口的位置误差和形位误差；整器总装阶段，以定位销适配的方式控制结构1、2之间的位置及角度误差，根据不同结构上设备安装接口的相对位置、形位误差测量结果对结构3实施调整，控制不同结构上设备安装接口相匹配；设备安装阶段。本发明在航天器研制各阶段实施多项精度控制措施，保证了大型设备多连接点、跨结构布局下的高效率、高可靠、无应力安装，在大型设备跨结构安装上具有较大的应用前景。