本发明提供了一种麦麸食品加工设备和双蛋白麦麸食品加工方法，涉及食品加工技术领域。麦麸食品加工设备包括研磨装置、第一输送装置、气流粉碎机、第二输送装置、混料装置、微波装置以及和面装置。本申请的麦麸食品加工设备在进行麦麸研磨后，还通过气流粉碎机进行进一步粉碎，使得加工后的全麦麸粉更加细腻，降低出现口感粗糙的问题，同时还利用微波装置对全麦麸粉进行微波加热，微波加热能够更好的保留全麦麸粉的营养成分，并且可以使全麦麸粉更均匀地受热，使后续烘烤或蒸制的产品更加松软，从而进一步改善其口感和质地。