本发明涉一种黑曲霉基因编辑菌株的构建方法，属于生物工程技术领域。该黑曲霉基因编辑菌株为：以黑曲霉为出发菌株，过表达草酰乙酸乙酰水解酶基因oahA、敲除柠檬酸转运子基因citT或同时过表达草酰乙酸乙酰水解酶基因oahA和敲除柠檬酸转运子基因citT，获得的黑曲霉基因编辑菌株。本发明还提供了编辑菌株的构建、筛选和传代培养的方法以及菌株发酵生产草酸及定量分析有机酸产物的方案。与现有技术相比，本发明的黑曲霉编辑菌株活力强，产酸能力强，并且发酵生产的有机酸中草酸占主导，为草酸的发酵生产、真菌有机酸代谢调控以及生物冶金相关研究提供了理论模型和技术支撑。