本发明涉及一种面向导航效能仿真系统的仿真模型运行调度方法。所述方法包括：通过初始化构建仿真模型，根据导航效能仿真参数初始化仿真模型，在当前时间对应的时间维度上将区域仿真模型的多维度数据降维为高度数据和经纬度单点数据；在离散事件触发时，各实体的仿真模型将仿真数据以及接入的实时数据分发至领域计算模型，领域计算模型根据接收的数据进行导航效能计算，得到评估分析结果；将区域仿真模型对应的评估分析结果合并并还原为多维度数据，得到区域面分析结果，根据区域面分析结果进行可视化展示。采用本方法能够有效支撑卫星导航效能仿真的精细化运行。