本发明公开了一种基于SWAT增强模型的稻田水文水质模拟方法，包括以下步骤：将稻田的几何模型设置为相互链接的长方体，用改进的蒸发算法计算得到稻田每日的蒸散发量，用改进的渗透算法计算得到稻田每日的垂直渗透量，用改进的灌溉算法计算得到稻田每日的灌溉量；计算稻田之间的高度水头和渗透水头，根据高度水头和渗透水头计算得到稻田水平渗流‑溢流量，将稻田每日的灌溉量、稻田每日的蒸散发量、稻田每日的垂直渗透量、稻田水平渗流‑溢流量归总进入SWAT模型内置的水平衡方程中，得到总水平衡方程；计算稻田中的潜在污染物浓度，使用污染物浓度乘以稻田水平渗流‑溢流量量化水平渗流‑溢流过程转移的污染物负荷。本发明提高了水稻田模拟的准确性，能够更好地量化复杂稻田系统(CPS)内部水和污染物传输。