本发明属于心脏功能评估技术领域，提供了基于三维超声心动图的心脏功能评估方法及系统，包括步骤：将三维超声心动图输入轻量化注意力分割网络LAUnet以分割左心室内边界和心肌轮廓；基于左心室内边界计算左心室体积变化以获得射血分数；根据心肌轮廓获取心肌中心线，并基于运动估计网络MC‑PWCNet追踪心肌中心线运动轨迹，在运动轨迹中计算心肌的最小位移以确定心梗区域和面积；基于射血分数和心梗面积输出心脏评估结果。本发明的优点在于通过构建轻量化注意力分割网络和心肌中心线运动估计网络，对运动的心室内界和心肌部位进行快速精准地捕捉，从而得到精确的射血分数和心肌梗死面积，以实现3DE下对复杂冠心病患者的心脏结构和功能定量化评估。