本发明公开了一种磁阻存储单元的形成方法，包括：提供衬底，在衬底上形成磁性隧道结薄膜层；在磁性隧道结薄膜层上形成依次具有导电的第一硬掩模层和绝缘非晶态的第二硬掩模层的复合硬掩模层；对复合硬掩模层进行图形化；以复合硬掩模层图形为掩模，对磁性隧道结薄膜层进行图形化，形成磁性隧道结单元；去除第二硬掩模层图形。本发明可利用第二硬掩模层减少磁性隧道结薄膜层刻蚀过程中的金属聚合物残留，并避免在磁性隧道结薄膜层侧壁产生反溅射沉积问题，并可利用第一硬掩模层作为第二硬掩模层与磁性隧道结薄膜层之间的垫层，并作为上电极的一部分，避免磁性隧道结单元的暴露，因此提高了工艺的可靠性，显著改善了器件性能。