本发明涉及轨迹规划技术领域，公开了一种内孤立波作用下的水下航行体运动轨迹预测方法，创建两层流体模型以及非静力模型NHWAVE并定义综合目标函数以及约束条件，所述综合目标函数包括深度目标函数、速度目标函数、路径安全函数；所述约束条件包括第一约束条件、第二约束条件和第三约束条件，对水下航行体航行路线进行规划，确定水下航行体的航行起点以及航行终点；利用路径规划算法结合水下航行体的航行起点、航行终点生成由航行起点至航行终点的最优航行线路；同时对水下航行体航行于强迫区的速度、深度进行优化，根据优化后的速度、深度进行全新的路线规划，提高航行的稳定性同时制定合理的航行策略。