本发明涉及双燃料发动机技术领域，具体涉及基于燃料喷射量加权的船用双燃料发动机控制方法和装置，通过将燃料模式分段，每个喷射控制阶段采用不同的控制方法，基于总燃料喷射量加权的多模型预测控制，根据当前总燃料喷射量的大小来获得对应的加权系数，从而得到发动机的燃料喷射控制量，经过燃料分配过程得到最终的柴油喷射量和甲醇喷射量。通过平均值滤波、一阶滤波、二阶滤波等方法对信号进行处理，减少信号干扰并使得燃料喷射量的输出平滑，使发动机在模式切换中平滑过渡，实现模式切换的平稳性和快速性，有效消除负载突变造成的停机、飞车隐患。