本发明提供了一种基于柔性连接舱的红外制导控制半实物仿真系统及方法，包括实时仿真控制系统、五轴转台、测试台/加电设备以及目标数字场景生成系统通过网络连接通信；三个舱段包括产品舱、连接舱和目标舱，产品舱和目标舱位于五轴转台上，产品舱和目标舱之间通过连接舱连接；液氮及氮气源通过管道与高低温循环系统连接，高低温循环系统与三个舱段连接；温度控制系统通过电缆与高低温循环系统连接，并通过电缆及温度传感器采集三个舱段、红外目标模拟器以及位于产品舱内的被测产品的参数。本发明可同时兼顾低温环境及高动态转动的模拟，进而实现低温环境红外制导控制半实物仿真。