本申请的目的是提供一种用于预测蛋白质突变稳定性的方法、设备及介质，该方法包括：获取预训练蛋白质语言模型与预训练蛋白质结构模型；基于蛋白质突变训练数据、预训练蛋白质语言模型、预训练蛋白质结构模型，构建图神经网络；基于蛋白质适应度数据和蛋白质突变自由能变化数据，结合图神经网络，训练得到蛋白质突变稳定性预测模型；基于目标蛋白质突变数据，利用预训练蛋白质语言模型、预训练蛋白质结构模型、图神经网络与蛋白质突变稳定性预测模型，确定目标蛋白质突变数据对应的蛋白质突变稳定性信息。本申请通过综合信息融合的方式，有效整合各类特征数据，来预测蛋白质突变引起的稳定性变化，有效提升了蛋白质突变影响预测的全面性和准确性。