本发明公开了一种N×3相电机驱动控制系统及其控制方法，涉及电机控制技术领域，该系统包括：包括DSP处理部和FPGA处理部；DSP处理部包括多核DSP模块、通讯模块，多核DSP模块的第一CPU处理器用于实现电机转速环和N个电流环的控制功能，第二CPU处理器与通讯模块相连，第一CPU处理器和第二CPU处理器共享地址；FPGA处理部包括FPGA模块，FPGA模块用于并行实现N个电机坐标变换功能和信号调制功能；FPGA模块与多核DSP模块的第一CPU处理器通讯连接，以互通采集、处理信息。通过将坐标变换放置在FPGA内实现，降低了传输的数据量，同时将转速及电流控制环节放在DSP中实现，方便代码的更新及维护。