本发明提供了一种高产中短链内酯型槐糖脂的工程菌株及其构建方法和应用，涉及基因工程技术领域。该工程菌株的出发菌株为熊蜂生假丝酵母菌(Starmerella bombicola)，所述熊蜂生假丝酵母菌的FADH基因位点插入内酯化酶SBLE基因和槐糖脂转运酶MDR基因，使FADH基因被敲除。该工程菌株能发酵生产高产量的中短链内酯型槐糖脂，中短链内脂型槐糖脂(C6‑C12)既具有内脂型槐糖脂的抗菌、抗肿瘤等生物功能活性又具有中短链槐糖脂较好溶解性、乳化性等表面活性，因此具有广阔的应用前景和经济价值。本发明所构建的工程菌株及应用为规模化生产中短链内酯型槐糖脂提供了有效途径。