本发明公开一种灌溉用水决策方法及系统，方法包括：获取目标灌溉区域中每个灌溉区块当前的灌溉信息，并将灌溉信息输入至可用水量预测模型中，得到每个灌溉区块当前时刻的可用水量预测结果；判断可用水量预测结果序列中最大的某一可用水量预测结果是否小于预设的第一用水量阈值；若不小于预设的第一用水量阈值，则将其余可用水量预测结果调整至与某一可用水量预测结果相同的水平，得到目标可用水量预测结果序列；根据降水量数据和目标可用水量预测结果序列中各个目标可用水量预测结果的跌落情况确定在预设时间段内目标灌溉区域的用水决策。通过考虑目标可用水量预测结果的跌落情况，能够针对各个灌溉区块设置实际用水量。