本发明公开了一种不同低轨通信卫星系统之间降低相互干扰的方法，可以使不同低轨通信卫星系统之间共享无线电频谱。第一低轨通信卫星系统发射和接收天线子波束为可动点波束，星上及其地面终端具备上、下行频率干扰判断功能。对于合作的第二低轨通信卫星系统，互相进行星历及波束信息通报，第一低轨通信系统通过波束隔离角度判断两个系统间的波束是否发生干扰；对于非合作的第二低轨通信卫星系统，第一低轨通信卫星系统主动进行上、下行干扰检测，若受到干扰，将受干扰的波束切换为临星中满足空间隔离要求的其它波束或切换为其它频率。第一、二低轨通信卫星系统通过关闭与GSO卫星不满足最低隔离角度的区域内的波束完成与GSO卫星干扰规避。