本发明涉及发酵液的分离，公开了一种从苹果酸发酵液中提取丁二酸的方法。该方法包括如下步骤：(1)将发酵液固液分离I，收集液相I；(2)将所述液相I和聚合氯化铝、聚丙烯酰胺、硅藻土混合静置后固液分离II、浓缩，收集浓缩液；(3)将所述浓缩液的pH调节至1‑3后，得到酸化液；(4)将所述酸化液固液分离III，得到液相II；(5)将所述液相II脱色、分离，得到丁二酸。该方法不存在有机污染，环境友好，且能够有效提高制得的纯度和收率。