本发明申请提供了一种脂肪酶催化油脂水解工艺，由下列步骤组成，一次水解：向第一水解釜中加入油脂，按比例加入一定量的饱和脂肪酸溶液；升温、搅拌，保持温度稳定；加入一定量的脂肪酶，继续搅拌保温反应；保温反应结束后将一次水解液通过第一离心机分离，分出甜水和一次水解油；第二次水解：向第二水解釜中加入一次水解油，其他反应条件同一次水解反应，保温反应结束后将二次水解液通过第二离心机分离，分出二次水解水和粗酸；粗酸通过分子蒸馏分离出高纯度脂肪酸。采用饱和脂肪酸溶液来稳定反应体系pH，反应条件温和，收率高，产品质量好，同时避免了其他杂质带入，使产品纯度更高。