本发明涉及特种机器人技术领域，具体为一种用于自动清除蜂巢的机械臂及操作方法，包括规则连接的机械臂封装外壳、五自由度本体结构模块、固定底板模块和破孔钻头模块；机械臂封装外壳包括底板固定装置外壳、舵机齿轮模块外壳和关节外壳；固定底板模块包括机械臂固定底板和并排连接在机械臂固定底板一侧的机械臂固定侧板、底板支撑块；破孔钻头模块包括工具固定板、电池模块、工具电机、电机输出轴和钻头。本发明设计通过五自由度机械臂控制来代替人工作业，提高了清除蜂巢的作业效率与可靠性；同时通过实时远程控制，使整体设备在自动化前提下具有一定自主性，有效避免了高空作业人员事故风险，提高了整体作业效率，降低了人员劳动强度。